关于“院内对科室奖金是否违法”这一问题，不能一概而论，需要分情况讨论：
如果院内对科室奖金的分配有明确的规章制度，且该制度符合法律法规，不违反公平、公正原则，同时也没有损害员工的合法权益，那么这种奖金分配方式通常是合法的。
- 例如，医院根据科室的工作量、工作质量、患者满意度等指标来制定奖金分配方案，且该方案在制定过程中充分征求了员工的意见，确保了分配的公平性和透明性，那么这种分配方式就是合法的。
如果院内对科室奖金的分配缺乏明确的规章制度，或者规章制度违反了法律法规，如存在歧视性条款、不公平条款等，或者分配过程中存在暗箱操作、不透明等情况，那么这种奖金分配方式可能是违法的。
- 例如，医院仅根据科室主任的个人喜好或者与某些员工的私人关系来分配奖金，而忽视了其他员工的工作表现和贡献，这种分配方式就可能构成违法，因为它违反了公平、公正的原则，损害了其他员工的合法权益。
法律背景与建议：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。因此，医院在制定科室奖金分配方案时，应当遵循这一程序，确保方案的合法性和合理性。
- 如果员工认为医院的奖金分配方案存在违法或者不公平的情况，可以向医院提出异议，要求医院进行解释或者修改。如果医院拒绝解释或者修改，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。
可能存在的法律后果：
- 如果医院的奖金分配方案被认定为违法或者不公平，医院可能需要承担相应的法律责任，如补发奖金、支付赔偿金等。同时，医院的声誉和形象也可能受到损害，影响员工的积极性和稳定性。
总结与建议：
- 医院在制定科室奖金分配方案时，应当遵循法律法规和公平、公正的原则，确保方案的合法性和合理性。
- 员工在认为医院的奖金分配方案存在违法或者不公平的情况时，应当及时向医院提出异议，并通过合法途径维护自己的权益。
- 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。