医院科主任克扣奖金的行为是否违法，需分情况讨论：

1. 若科主任克扣奖金的行为违反了医院规章制度或劳动合同约定：

   • 法律分析：医院作为用人单位，通常会制定一系列规章制度来规范内部管理，包括奖金的发放标准和程序。同时，医院与员工签订的劳动合同中也会明确约定工资、奖金等福利待遇。如果科主任克扣奖金的行为违反了这些规章制度或劳动合同的约定，那么该行为就构成了对员工合法权益的侵害。
   • 法律后果：员工有权要求医院按照规章制度或劳动合同的约定补发被克扣的奖金，并可能要求医院承担相应的违约责任或赔偿责任。如果医院拒绝履行，员工可以向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，甚至向人民法院提起诉讼。

2. 若科主任克扣奖金的行为缺乏合法依据，且构成对员工财产权的侵害：

   • 法律分析：奖金作为员工劳动报酬的一部分，属于员工的合法财产。科主任作为医院的管理人员，无权随意克扣员工的奖金。如果科主任克扣奖金的行为缺乏合法依据，如没有明确的规章制度或劳动合同约定作为支撑，那么该行为就构成了对员工财产权的侵害。
   • 法律后果：员工有权要求科主任停止侵害、返还被克扣的奖金，并可能要求科主任承担相应的侵权责任。如果科主任拒绝履行，员工同样可以向劳动争议调解仲裁机构或人民法院寻求法律救济。

3. 特殊情况下的考虑：

   • 如果科主任克扣奖金是基于医院的整体利益或特殊情况下的合理调整：例如，医院面临严重的财务危机，需要暂时调整奖金发放标准以度过难关。在这种情况下，如果医院能够证明其调整行为的合理性和必要性，并且已经与员工进行了充分的沟通和协商，那么科主任克扣奖金的行为可能不会被视为违法。但即便如此，医院也应当在条件允许的情况下尽快恢复正常的奖金发放标准。
   • 如果科主任克扣奖金的行为涉及贪污、受贿等违法犯罪行为：那么该行为不仅违反了医院的规章制度和劳动合同的约定，还可能触犯了刑法等法律法规。在这种情况下，科主任将面临更为严重的法律后果，包括刑事处罚和民事赔偿等。

建议：

• 如果你作为员工遇到了科主任克扣奖金的情况，首先应当查阅医院的规章制度和劳动合同，了解奖金的发放标准和程序以及自己的合法权益。
• 如果认为科主任的行为违反了相关规定或约定，可以与科主任或医院进行沟通协商，要求补发被克扣的奖金。
• 如果沟通协商无果，可以向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，甚至向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。

在处理此类问题时，请务必保留好相关证据，如工资条、奖金发放记录、医院规章制度、劳动合同等，以便在需要时提供证明。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。