医院科长克扣工人钱是违法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律背景与规定

根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。医院作为用人单位，其科长无权对工人进行任意克扣工资的行为，否则就构成了对工资的克扣，这是违法的。同时，《中华人民共和国劳动合同法》第三十条也规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。若医院存在克扣工资的行为，就违反了这一规定。

违法克扣工资的情形

1. 未制定合法有效规章制度就克扣：如果医院没有制定合法有效的规章制度，或者规章制度没有经过民主程序制定、没有向员工公示，就擅自对工人进行克扣工资，这种行为是违法的。
2. 罚款额度过高：即便医院有内部规章制度，但如果罚款额度过高，与员工的过错程度严重不匹配，也属于违法克扣工资。例如，员工因轻微疏忽导致医院损失少量财物，但医院却克扣其大量工资，这种行为就不合理且违法。

员工应对措施

1. 与医院协商：当发现医院科长克扣工资时，工人首先可以尝试与医院进行协商，要求医院说明克扣工资的原因，并退还不合理的克扣部分。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，工人可以向当地劳动监察部门投诉医院的违法行为。投诉时，需要提供相关证据，如工资条、罚款通知、劳动合同等，以证明医院存在克扣工资的行为。劳动监察部门将调查并责令医院改正违法行为，退还不合理罚款。
3. 申请劳动仲裁：若对劳动监察部门的处理结果不满意，或者医院拒绝改正违法行为，工人可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在仲裁过程中，工人需要提供充分证据证明医院罚款的违法性，要求医院退还违法罚款并支付经济补偿。
4. 提起诉讼：如果对仲裁结果仍然不满意，工人可以向人民法院提起诉讼，进一步维护自己的合法权益。

法律后果

根据《劳动保障监察条例》第二十六条，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的，由劳动保障行政部门分别责令限期支付劳动者的工资报酬；逾期不支付的，责令用人单位按照应付金额50％以上1倍以下的标准计算，向劳动者加付赔偿金。这意味着，如果医院被认定存在克扣工资的行为，不仅需要退还克扣的工资，还可能面临额外的赔偿金支付。

总结来说，医院科长克扣工人钱是违法的，工人有权通过协商、投诉、仲裁和诉讼等途径来维护自己的合法权益。如果你或你身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更具体的法律建议和帮助。