医院科主任滥用职权扣除6万奖金，可能违反了多项纪律和规定，具体分析如下：
违反医院内部规章制度：
- 医院作为用人单位，通常会制定一系列内部规章制度来规范员工的行为，包括奖金的发放、扣除等。科主任滥用职权扣除员工奖金，很可能违反了医院的相关规章制度，如奖金分配制度、财务管理制度等。这种行为可能构成对医院内部管理秩序的破坏，医院有权根据规章制度对其进行相应的纪律处分。
违反劳动法律法规：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬，包括奖金。科主任滥用职权扣除员工奖金，实际上是对员工劳动报酬的非法剥夺，违反了劳动法律法规中关于劳动报酬支付的规定。员工有权向劳动监察部门投诉，要求用人单位补发被扣除的奖金，并可能获得相应的赔偿。
可能构成滥用职权罪（在极端情况下）：
- 虽然科主任滥用职权扣除奖金的行为通常不构成犯罪，但在极端情况下，如果其行为造成了严重后果，如导致员工生活陷入困境、引发社会不稳定因素等，且科主任的行为具有明显的故意和恶意，那么该行为有可能被认定为滥用职权罪。不过，这种情况较为罕见，且需要严格的法律程序和证据支持。
违反职业道德和诚信原则：
- 科主任作为医院的管理人员，应当遵守职业道德和诚信原则，公正、公平地处理医院内部事务。滥用职权扣除员工奖金，不仅损害了员工的合法权益，也破坏了医院的良好形象和内部和谐氛围。这种行为可能受到医院内部的道德谴责，甚至影响科主任的职业发展。
针对此情况，建议采取以下措施：
- 与医院沟通：首先，员工可以尝试与医院管理层或人力资源部门沟通，说明情况并要求补发被扣除的奖金。如果医院能够认识到问题的严重性并采取措施纠正，那么问题可能得到妥善解决。
- 向劳动监察部门投诉：如果与医院沟通无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门介入调查并处理。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并要求用人单位补发被扣除的奖金。
- 寻求法律援助：在必要时，员工可以寻求法律援助或咨询专业律师，了解自己的合法权益和维权途径。律师可以根据具体情况提供法律建议和帮助，甚至代表员工提起诉讼或仲裁。
最后需要强调的是，每个具体案件的情况都有所不同，因此在处理此类问题时，建议根据实际情况采取相应的措施，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的解答，请直接向我咨询。