医院科主任主动上交医疗设备回扣，仍可能面临行政处罚和刑事处罚，具体处罚需结合回扣金额、情节严重程度等因素综合判断。以下从行政责任和刑事责任两个角度展开分析：
一、行政责任
- 纪律处分：医院作为事业单位，有权依据内部规章制度对科主任进行纪律处分，包括警告、记过、降级、撤职、开除等。主动上交回扣可能作为从轻或减轻处分的情节，但无法完全免除责任。
- 行政处罚：根据《中华人民共和国医师法》第五十六条，医师在执业活动中利用职务之便，索取、非法收受患者财物或者牟取其他不正当利益的，由卫生健康主管部门责令改正，给予警告，没收违法所得，并处一万元以上三万元以下的罚款；情节严重的，责令暂停六个月以上一年以下执业活动直至吊销医师执业证书。即使科主任主动上交回扣，若已构成违法，仍可能面临上述处罚。
二、刑事责任
- 非国家工作人员受贿罪：若科主任不属于国家工作人员（如公立医院中经国家机关任命或委派的管理人员可能构成国家工作人员），其收受回扣的行为可能构成《中华人民共和国刑法》第一百六十三条规定的非国家工作人员受贿罪。根据该条款，数额较大的（一般指六万元以上），处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。主动上交回扣可能作为量刑时的从轻情节，但无法改变犯罪性质。
- 受贿罪：若科主任属于国家工作人员（如公立医院中经国家机关任命或委派的管理人员），其收受回扣的行为可能构成《中华人民共和国刑法》第三百八十五条规定的受贿罪。根据该条款，数额较大（一般指三万元以上）或者有其他较重情节的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金或者没收财产；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。同样，主动上交回扣可能作为量刑时的从轻情节。
三、其他后果
- 职业声誉受损：无论是否受到法律处罚，科主任的行为都可能对其职业声誉造成严重影响，进而影响其未来的职业发展。
- 行业禁入：在严重情况下，科主任可能面临行业禁入的处罚，即被禁止在一定期限内或永久从事医疗行业相关工作。
建议：若科主任已主动上交回扣，应尽快向医院和相关部门说明情况，配合调查，并寻求专业法律帮助以最大程度减轻法律后果。如有进一步疑问或需要具体法律指导，请直接向我咨询。