结论：请假三天被扣五万奖金是否合法，需结合具体劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规进行综合判断，一般情况下，这种扣款方式可能不合法。
一、从劳动合同和公司规章制度角度分析
劳动合同约定：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同应当明确约定劳动者的工资、奖金等劳动报酬。若劳动合同中明确规定了请假期间的奖金扣减方式，且该方式不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照合同约定扣减奖金可能是合法的。
- 但，若劳动合同中未明确约定请假期间的奖金扣减方式，或者约定的扣减方式显失公平（如扣减金额远超过请假期间应得的奖金部分），则公司擅自扣减五万奖金可能不合法。
公司规章制度：
- 公司有权制定内部规章制度来管理员工，包括请假和奖金发放等事项。然而，这些规章制度必须符合法律法规的规定，且经过民主程序制定并公示给员工。
- 若公司规章制度中明确规定了请假期间的奖金扣减方式，且该方式合法合理，那么公司按照规章制度扣减奖金可能是合法的。
- 但，若公司规章制度未经过民主程序制定或未公示给员工，或者规定的扣减方式不合法不合理（如扣减金额过高），则公司擅自扣减五万奖金可能不合法。
二、从法律法规角度分析
《劳动法》和《劳动合同法》：
- 这两部法律均规定了劳动者享有获得劳动报酬的权利，包括工资和奖金。公司不得无故克扣或拖欠劳动者的劳动报酬。
- 若公司扣减五万奖金的行为缺乏合法依据（如劳动合同未约定、公司规章制度未规定或规定不合法），则该行为可能违反《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定。
奖金性质：
- 奖金通常是对劳动者工作表现的一种奖励，与劳动者的劳动成果和贡献密切相关。公司扣减奖金应当有合理的理由和依据，且扣减金额应当与请假期间的损失相当。
- 请假三天扣减五万奖金，从常理上判断，这种扣减方式可能过于严厉，且难以与请假期间的损失相匹配，因此可能不合法。
三、建议与后续行动
核查劳动合同和公司规章制度：
- 劳动者应首先核查自己的劳动合同和公司规章制度，了解其中关于请假和奖金发放的相关规定。
与公司协商：
- 若认为公司扣减奖金的行为不合法，劳动者可以与公司进行协商，要求公司恢复被扣减的奖金或提供合理的解释和依据。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 若协商无果，劳动者可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求裁决公司恢复被扣减的奖金或赔偿相应损失。
- 若对劳动仲裁结果不满，劳动者还可以向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况和法律法规，为你提供专业的法律建议。