请假5天扣补助工资是否合法，需分情况讨论：

1. 若公司规章制度或劳动合同中有明确规定：

   • 合法情况：如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了请假超过一定天数将扣除补助工资，且该规定不违反国家法律法规的强制性规定，那么公司扣除补助工资的行为是合法的。例如，公司规定员工每月请假超过3天，将扣除当月的交通补助或餐补等补助，这样的规定在合理范围内是被允许的。
   • 注意事项：但公司规章制度或劳动合同中的规定必须合法合理，不能违反国家法律法规的强制性规定，也不能显失公平。如果规定过于苛刻或不合理，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 若公司规章制度或劳动合同中无明确规定：

   • 不合法情况：如果公司规章制度或劳动合同中没有明确规定请假扣除补助工资的情况，那么公司擅自扣除补助工资的行为可能是不合法的。根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，公司应当按时足额支付员工的工资和福利待遇，不得无故克扣或拖欠。
   • 员工权益：在这种情况下，员工有权要求公司补发被扣除的补助工资，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

法律建议：

• 查阅公司规章制度和劳动合同：员工在遇到此类问题时，首先应查阅公司的规章制度和劳动合同，了解其中是否有关于请假扣除补助工资的规定。
• 与公司协商：如果发现公司扣除补助工资的行为可能不合法，员工可以先与公司进行协商，要求公司补发被扣除的补助工资。
• 寻求法律援助：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在必要时，也可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径来解决问题。

可能法律后果：

• 如果公司擅自扣除补助工资的行为被认定为违法，公司可能需要承担补发工资、支付赔偿金等法律责任。同时，公司的声誉和形象也可能受到损害，影响公司的长期发展。

总之，请假5天扣补助工资是否合法，取决于公司规章制度或劳动合同中是否有明确规定。员工在遇到此类问题时，应首先查阅相关规定，并与公司进行协商。如果协商无果，可以寻求法律援助来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。