法院通常不会仅因签订民事行为协议就视为当事人知道行政行为内容违法。这一结论的得出，需要我们从多个角度进行深入分析。
一、签订民事行为协议与知道行政行为违法的关系
签订民事行为协议，本质上是当事人之间就民事权利义务关系达成的合意。这种协议的签订，并不直接涉及对行政行为合法性的判断。行政行为是否违法，需要依据行政法律法规进行评判，而非由民事协议的签订来决定。因此，单纯从签订民事行为协议这一行为本身，无法推断出当事人知道行政行为内容违法。
二、法院认定“知道”的标准
在行政诉讼中，法院认定当事人是否“知道”行政行为内容违法，通常会考虑以下因素：
行政行为的告知情况：行政机关在作出行政行为时，是否依法履行了告知义务，包括告知行政行为的内容、依据、救济途径等。如果行政机关未依法告知，那么当事人可能因不知情而无法及时主张权利。
当事人的实际认知情况：法院会结合当事人的陈述、证据以及日常生活经验等，综合判断当事人是否实际知道行政行为内容违法。这种判断需要基于充分的证据和合理的推理，而非仅凭主观臆断。
法律规定的起诉期限：根据《行政诉讼法》及相关司法解释的规定，当事人应当在知道或者应当知道行政行为违法之日起一定期限内提起诉讼。这一期限的设置，旨在督促当事人及时行使权利，避免诉讼拖延。但这一期限的起算点，并非简单以签订民事行为协议为标志。
三、特殊情况下的考量
当然，也存在一些特殊情况，可能使得法院在认定当事人是否知道行政行为内容违法时，会考虑签订民事行为协议这一因素。例如：
民事协议内容涉及行政行为：如果民事协议的内容直接涉及对行政行为的评价或处理，且该评价或处理与行政行为的合法性密切相关，那么法院在认定当事人是否知道行政行为违法时，可能会结合民事协议的内容进行综合判断。
当事人利用民事协议规避行政责任：如果当事人通过签订民事协议的方式，试图规避行政责任或掩盖行政行为的违法性，那么法院在认定相关事实时，可能会对这种行为进行负面评价，并据此推断当事人知道行政行为违法。
四、法律建议
保留证据：无论是在签订民事行为协议还是面对行政行为时，当事人都应当注意保留相关证据，以便在需要时证明自己的主张。
及时咨询：如果当事人对行政行为的合法性存在疑问，或者认为自己的权益受到侵害，应当及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可行的救济途径。
依法维权：在知道或应当知道行政行为违法后，当事人应当在法定期限内依法提起诉讼或申请行政复议，以维护自己的合法权益。
如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。