双方签订的协议如果包含违法行为，那么该协议是不合法的，且自始无效。以下从多个角度为你详细分析：

法律原则角度

根据我国法律的基本原则，任何违反法律、行政法规强制性规定的民事法律行为都是无效的。这意味着，如果协议中的条款涉及违法行为，比如违反了刑法、治安管理处罚法等法律法规的强制性规定，那么这些条款，乃至整个协议，都将被视为无效。无效的协议自始不具有法律约束力，双方当事人不能基于该协议主张任何权利或履行任何义务。

具体法律条款角度

• 《民法典》相关规定：根据《民法典》第一百四十三条，民事法律行为有效的条件包括行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。若协议存在违法行为，显然违反了“不违反法律、行政法规的强制性规定”这一条件，因此协议无效。
• 具体违法行为举例：比如，双方签订的协议中约定进行非法交易、走私、贩毒等违法行为，或者协议内容涉及欺诈、胁迫等手段迫使对方签订，这些都属于违法行为，协议因此无效。

法律后果角度

• 协议无效的后果：一旦协议被认定为无效，那么双方因该协议取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失；双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
• 可能涉及的法律责任：除了民事责任外，如果协议中的违法行为还触犯了刑法或其他法律法规，那么相关当事人还可能面临刑事责任或行政处罚。比如，因协议涉及走私而触犯走私罪，将受到刑法的制裁。

实际操作建议角度

• 审查协议内容：在签订协议前，双方应仔细审查协议内容，确保所有条款都合法合规，不涉及任何违法行为。
• 咨询专业律师：如果对协议内容的合法性存在疑问，或者不确定某些条款是否违反法律法规，建议咨询专业律师进行法律审查。
• 及时采取措施：如果发现已经签订的协议存在违法行为，应立即停止履行，并尽快与对方协商解决方案。如果无法协商解决，可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。

总结来说，双方签订的协议如果包含违法行为，那么该协议是不合法的，且自始无效。这不仅可能导致双方无法基于协议主张权利或履行义务，还可能引发一系列法律后果和责任。因此，在签订协议前，务必确保协议内容的合法性和合规性。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。