结论：法院将行政协议认定为民事协议，若存在证据不足、认定事实错误、适用法律错误的情况，确实可能构成程序违法，但具体还需结合案件实际情况和法律规定来综合判断。

分析说明：

1. 行政协议与民事协议的区分：

   • 行政协议，通常指的是行政机关与公民、法人或其他组织之间，为实现行政管理目标而订立的协议。它具有行政法上的权利义务内容，受到行政法的调整。
   • 民事协议，则是平等主体之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议，主要受到民法的调整。
   • 区分两者关键在于协议的目的、主体、内容以及所受法律调整的不同。若法院错误地将行政协议认定为民事协议，可能导致法律适用错误，进而影响案件的公正处理。

2. 证据不足与认定事实错误：

   • 证据是法院认定事实的基础。若法院在认定协议性质时，缺乏充分的证据支持，或者对现有证据的理解、分析存在偏差，导致认定事实错误，这显然违反了诉讼程序中的证据规则。
   • 认定事实错误可能直接影响案件的法律适用和判决结果，因此，在行政诉讼中，法院必须严格依据证据来认定事实。

3. 适用法律错误：

   • 法律适用是法院审理案件的核心环节。若法院将行政协议错误地认定为民事协议，并据此适用了民事法律，而实际上应适用行政法律，这显然构成了法律适用错误。
   • 法律适用错误不仅可能导致判决结果的不公正，还可能损害当事人的合法权益，因此，是诉讼程序中的重要违法情形。

4. 程序违法的判断：

   • 程序违法通常指的是法院在审理案件过程中，违反了法律规定的诉讼程序或诉讼原则。
   • 在本题中，若法院因证据不足、认定事实错误或适用法律错误，而将行政协议错误地认定为民事协议，这确实可能构成程序违法。但具体是否构成程序违法，还需结合案件的具体情况、相关法律规定以及诉讼程序的要求来综合判断。

法律建议：

• 若您认为法院在审理案件过程中存在上述程序违法情形，您可以考虑通过上诉、申请再审等法律途径来维护自己的合法权益。
• 在提起上诉或申请再审时，您需要准备充分的证据和理由来支持自己的主张，包括指出法院在认定协议性质、证据分析、事实认定或法律适用等方面存在的错误。
• 同时，建议您咨询专业律师（如我，邹洁律师，专注于经济纠纷、离婚财产纠纷、合同纠纷、行政复议等领域），以获取更具体、更专业的法律建议和帮助。

后续行动指南：

• 仔细审查法院的判决书，找出其中可能存在的证据不足、认定事实错误或适用法律错误的具体点。
• 收集相关证据和资料，以支持自己的上诉或再审申请。
• 尽快咨询专业律师，制定详细的法律策略和行动计划。