结论前置：针对行政案中行政行为认定清楚但程序违法和适用法律错误的情况，当事人可以通过提出异议、申请行政复议或提起行政诉讼等途径来追责，要求撤销违法行政行为并可能获得相应赔偿。
一、程序违法与适用法律错误的法律后果
行政行为被撤销：
- 无论是程序违法还是适用法律错误，都可能导致行政行为被有权机关（如上级行政机关或人民法院）认定为违法并撤销。例如，若行政机关在作出处罚决定时未遵循法定程序，如未告知当事人陈述申辩权利，该处罚决定就可能因程序违法而被撤销。同样，若行政机关错误地适用了法律，如将应适用A法的情形错误地适用了B法，该行政行为也会因适用法律错误而被撤销。
行政机关承担相应责任：
- 除行政行为被撤销外，行政机关还可能因错误行政行为给相对人造成损失而依法承担赔偿责任。这包括因程序违法或适用法律错误导致的直接经济损失，如罚款、赔偿金等，以及可能产生的间接损失，如因行政行为导致的营业中断、信誉受损等。
二、追责途径
提出异议：
- 当事人可首先向作出行政行为的机关提出书面异议，指出其程序违法或适用法律错误并要求更正。这是较为直接且高效的解决方式，尤其适用于行政机关愿意主动纠正错误的情况。
申请行政复议：
- 若行政机关对异议不予理会或不满意其回复，当事人可向上级行政机关或法定复议机关申请行政复议。在行政复议过程中，当事人需详细陈述观点并提供证据支持，如行政行为文书、相关法律法规等，以证明行政机关的程序违法或适用法律错误。
提起行政诉讼：
- 经行政复议后仍认为行政行为违法的，当事人可向有管辖权的人民法院提起行政诉讼。在行政诉讼中，法院将全面审查行政行为的合法性，包括程序是否合法、适用法律是否正确等，并作出公正裁决。若法院认定行政行为违法，将判决撤销该行政行为并可能要求行政机关承担赔偿责任。
三、注意事项
收集证据：
- 证据是证明观点的关键。当事人应收集相关法律法规、政策文件、行政行为文书等证据来证明行政机关的程序违法或适用法律错误。这些证据将有助于支持当事人的主张并增加胜诉的可能性。
了解法律程序：
- 不同的法律程序有不同的要求和规定。当事人需了解并遵循相应程序以确保权益得到有效保障。例如，在申请行政复议时，需按照法定时限和格式提交申请书及相关证据；在提起行政诉讼时，需选择有管辖权的法院并按照法定程序进行诉讼。
及时行动：
- 程序违法和适用法律错误的追责有时效性限制。当事人应在知道或应当知道行政行为违法之日起一定期限内（如60日或6个月，具体根据法律规定）提出异议、申请行政复议或提起行政诉讼。逾期将可能丧失追责的权利。
四、实例说明
假设某行政机关在作出处罚决定时未遵循法定程序，如未告知当事人陈述申辩权利，且错误地适用了法律，将应适用A法的情形错误地适用了B法。在此情况下，当事人可以首先向该行政机关提出书面异议，指出其程序违法和适用法律错误并要求更正。若行政机关不予理会或不满意其回复，当事人可以向上级行政机关申请行政复议，详细陈述观点并提供证据支持。若行政复议结果仍不满意，当事人可以向有管辖权的人民法院提起行政诉讼，要求撤销该违法行政行为并可能获得相应赔偿。
总之，针对行政案中行政行为认定清楚但程序违法和适用法律错误的情况，当事人应积极通过合法途径追责，确保自身权益得到有效保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。