要判断一个签有协议的看似民事纠纷的案件实为行政诉讼，可以从以下几个方面进行考量：

1. 诉讼主体：

   • 民事纠纷：通常涉及平等主体之间的权利义务关系，如个人与个人、个人与企业、企业与企业之间。
   • 行政诉讼：则涉及行政机关与行政相对人（如公民、法人或其他组织）之间的争议。如果协议的一方是行政机关，且该协议是在其行使行政职权过程中签订的，那么该纠纷可能属于行政诉讼范畴。

2. 协议性质：

   • 民事纠纷：涉及的协议多为民事合同，如买卖合同、租赁合同等，主要调整平等主体之间的财产关系和人身关系。
   • 行政诉讼：涉及的协议可能是行政合同或行政协议，如政府特许经营协议、土地征收补偿协议等，这些协议具有行政法上的权利义务内容，旨在实现行政管理目标或公共服务。

3. 争议焦点：

   • 民事纠纷：争议焦点通常围绕合同的履行、违约责任、损害赔偿等民事法律关系展开。
   • 行政诉讼：争议焦点则可能涉及行政行为的合法性、行政机关的职权行使、行政程序的合规性等行政法律关系。例如，如果争议是关于行政机关是否依法履行了协议中的某项行政职责，或者行政机关的某个决定是否侵犯了相对人的合法权益，那么该纠纷可能属于行政诉讼。

4. 法律适用：

   • 民事纠纷：主要适用民法典等民事法律法规。
   • 行政诉讼：则主要适用行政诉讼法、行政复议法以及相关行政法规、规章等。如果案件在审理过程中需要依据这些行政法律规范来判断行政行为的合法性，那么该案件可能属于行政诉讼。

5. 救济途径：

   • 民事纠纷：当事人通常可以通过民事诉讼途径寻求救济，如提起诉讼、申请仲裁等。
   • 行政诉讼：当事人则可以通过行政诉讼途径寻求救济，如提起行政诉讼、申请行政复议等。如果当事人已经尝试通过行政途径（如申请行政复议）寻求救济，且对复议结果不服，那么该案件可能属于行政诉讼的范畴。

举例说明： 假设某市民与市政府签订了一份土地征收补偿协议，但市政府在履行协议过程中未按约定支付补偿款。该市民认为市政府的这一行为侵犯了其合法权益，欲寻求法律救济。在此情况下，由于协议的一方是行政机关（市政府），且协议是在其行使行政职权（土地征收）过程中签订的，争议焦点涉及行政行为的合法性（未按约定支付补偿款是否合法），因此该纠纷更可能属于行政诉讼范畴。

建议：

• 在判断一个案件是民事纠纷还是行政诉讼时，应综合考虑诉讼主体、协议性质、争议焦点、法律适用以及救济途径等多个方面。
• 如果对案件性质存在疑问，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。