结论：在提前竣工费的问题上，若实际工期超过了合同工期但未超过定额工期，是否能扣除提前竣工费，需依据合同的具体约定以及相关法律法规进行综合判断。以下是从不同角度进行的分析。
一、合同约定优先
合同条款的明确性：
- 首先，需要审查合同中关于提前竣工费的具体条款。如果合同中明确规定了在实际工期超过合同工期时，无论是否超过定额工期，都应扣除提前竣工费，那么应当遵循合同约定。
- 反之，如果合同中没有明确规定，或者规定较为模糊，则需要进一步结合法律法规和行业惯例进行判断。
合同解释的原则：
- 在合同解释上，应遵循诚实信用原则和公平原则。如果合同条款存在歧义，应倾向于保护相对弱势方的利益，避免对一方造成不公平的结果。
二、法律法规的考量
相关法律法规：
- 目前，并没有直接的法律法规明确规定在实际工期超过合同工期但未超过定额工期时，是否能扣除提前竣工费。因此，这一问题的解决更多依赖于合同约定和行业惯例。
行业惯例的参考：
- 在建设工程领域，行业惯例往往对合同条款的解释和履行具有重要影响。如果行业惯例中普遍认为，在实际工期超过合同工期但未超过定额工期时，不应扣除提前竣工费，那么这一惯例可以作为判断的依据之一。
三、实际操作的建议
协商解决：
- 在发生争议时，首先建议双方通过协商的方式解决。通过友好沟通，双方可以达成共识，避免不必要的法律纠纷。
寻求专业意见：
- 如果协商无果，建议双方寻求专业律师或法律机构的意见。律师可以根据合同条款、法律法规和行业惯例，为双方提供专业的法律建议。
诉讼或仲裁：
- 如果争议无法通过协商或专业意见解决，双方可以考虑通过诉讼或仲裁的方式解决争议。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构将根据合同条款、法律法规和行业惯例，对争议进行裁决。
四、特殊情况的处理
合同无效或撤销：
- 如果合同存在无效或可撤销的情形，如欺诈、胁迫等，那么合同中的提前竣工费条款也可能无效或被撤销。在这种情况下，是否需要扣除提前竣工费将取决于法院或仲裁机构的裁决。
不可抗力因素：
- 如果实际工期超过合同工期是由于不可抗力因素导致的，如自然灾害、战争等，那么根据合同法的相关规定，可能不需要扣除提前竣工费。但具体是否适用不可抗力条款，还需要根据合同的具体约定和实际情况进行判断。
总结与建议：在实际操作中，建议双方在签订合同时就提前竣工费的问题进行明确约定，以避免后续的争议。如果发生争议，应首先通过协商的方式解决；协商无果的，可以寻求专业律师或法律机构的意见；最后，如果争议仍然无法解决，可以考虑通过诉讼或仲裁的方式解决。如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。