结论：工程实际未完工但办理了竣工验收，能否扣减未完工部分，需视具体情况而定，主要取决于合同约定、验收程序合法性及未完工部分对工程整体的影响。以下从不同角度详细分析：
一、合同约定角度
合同中有明确约定：
- 如果建设工程施工合同中明确约定了工程未完工但办理竣工验收时的处理方式，包括扣减未完工部分的款项、支付违约金或采取其他补救措施等，那么应当按照合同约定执行。
- 示例：合同中可能规定，若工程未完工但已办理竣工验收，发包人有权按照未完工部分的比例扣减相应工程款，并要求承包人承担违约责任。
合同中无明确约定：
- 如果合同中没有明确约定上述情况的处理方式，那么需要根据相关法律法规和行业惯例，结合实际情况进行判断。
二、验收程序合法性角度
验收程序合法：
- 如果竣工验收程序合法，且验收时双方均认可工程已达到合同约定的验收标准（尽管实际未完工），那么发包人可能难以直接扣减未完工部分的款项。但发包人可以依据合同中的质量保证条款或其他相关条款，要求承包人承担修复、返工等责任，并可能因此扣减相应款项。
- 法律依据：根据《建设工程质量管理条例》等相关规定，竣工验收应当符合法定程序和标准。若验收程序合法，则验收结果具有法律效力。
验收程序不合法：
- 如果竣工验收程序不合法，如验收时未通知所有相关方、验收标准不符合合同约定或法律法规规定等，那么验收结果可能无效。在此情况下，发包人有权要求重新验收，并根据重新验收的结果决定是否扣减未完工部分的款项。
三、未完工部分对工程整体影响角度
未完工部分不影响工程整体使用：
- 如果未完工部分对工程整体使用功能影响不大，且发包人同意接收工程，那么发包人可能不会扣减未完工部分的款项，但可能会要求承包人在一定期限内完成剩余工程。
未完工部分严重影响工程整体使用：
- 如果未完工部分严重影响工程整体使用功能，且发包人因此遭受损失，那么发包人有权要求承包人承担赔偿责任，并可能因此扣减相应工程款。
- 法律依据：根据《民法典》等相关规定，承包人应当按照合同约定完成工程建设任务，并保证工程质量符合约定标准。若因承包人原因导致工程未完工或质量不符合约定标准，承包人应当承担赔偿责任。
四、建议与措施
审查合同条款：
- 发包人和承包人应首先审查合同条款，明确双方的权利和义务，以及工程未完工但办理竣工验收时的处理方式。
协商解决：
- 双方应积极协商，寻求妥善解决方案。如通过补充协议明确未完工部分的处理方式、支付款项的调整等。
寻求法律途径：
- 若协商无果，双方可以寻求法律途径解决争议。如向仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼等。
进一步思考：在实际操作中，工程未完工但办理竣工验收的情况可能较为复杂。因此，建议发包人和承包人在签订合同时就明确约定相关条款，以避免后续争议。同时，在办理竣工验收时，双方应严格按照法定程序和标准进行操作，确保验收结果的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。