开票给A公司，而由A公司的分公司付款，这一行为本身并不直接违反法律规定，但需要满足一定的条件并注意潜在的法律风险。以下是从不同角度的详细分析：

1. 合同相对性原则

• 根据合同法的相关规定，合同具有相对性，即合同项下的权利义务通常仅约束合同双方。若发票是开具给A公司，原则上应由A公司履行付款义务。
• 若分公司以自身名义付款：这通常不被视为违反合同相对性，因为付款行为本身并不改变合同的权利义务主体。但需确保A公司认可该付款行为，避免后续因付款主体问题产生纠纷。
• 若分公司代A公司付款：这实际上是一种委托付款行为，需要A公司的明确授权或事后确认。否则，可能因无权代理而导致付款行为无效，进而引发法律风险。

2. 税务合规性

• 从税务角度来看，发票的开具与收款方应保持一致，以避免税务风险。若发票开具给A公司，而收款方为分公司，可能引发税务机关的关注。
• 建议：为确保税务合规，最好在发票备注栏或相关协议中明确说明付款方为分公司，并附上A公司的授权文件或事后确认函。

3. 分公司法律地位

• 分公司作为总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。因此，分公司付款在法律上通常被视为总公司的付款行为。
• 但需注意：尽管分公司付款在法律上可能被视为总公司行为，但在实际操作中，仍需确保付款行为符合合同约定和法律规定，以避免不必要的法律纠纷。

4. 潜在法律风险及防范

• 风险点：若未经A公司明确授权，分公司擅自付款可能导致无权代理，进而使付款行为无效。此外，若发票与付款方不一致，可能引发税务风险或被视为虚开发票。
• 防范措施：
  1. 在合同中明确约定付款方式及付款主体，或附上A公司对分公司付款的授权文件。
  2. 确保发票的开具与付款方保持一致，或在发票备注栏中明确说明付款情况。
  3. 保留好相关证据，如授权文件、付款凭证等，以备不时之需。

5. 实际操作建议

• 事先沟通：在开具发票前，与A公司及其分公司进行充分沟通，明确付款方式及付款主体。
• 完善协议：在合同中增加关于付款方式的条款，明确分公司付款的合法性和有效性。
• 及时确认：在分公司付款后，及时与A公司进行确认，确保付款行为得到A公司的认可。

总结来看，开票给A公司而由A公司的分公司付款，在满足一定条件并注意潜在法律风险的情况下，是合法的。但为确保交易的顺利进行和避免不必要的法律纠纷，建议事先与A公司及其分公司进行充分沟通，并在合同中明确相关条款。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。