开发票给A公司而由B公司付款这一行为是否合法，需分情况讨论：

1. 若存在合法、明确的债权债务转移或三方协议
   若A、B两公司之间存在合法的债权债务转移关系（例如B公司代A公司支付款项，且A公司已通过书面协议将收款权利转移给B公司），或三方（A、B及您所在方）签订了合法有效的协议，明确约定由B公司代A公司履行付款义务，同时发票开具给A公司，则该行为合法。
   这种情况下，发票的开具对象（A公司）与实际交易关系中的权利义务主体一致，仅付款方因协议安排由B公司代为履行，符合《发票管理办法》中“发票开具应与实际交易相符”的要求。

2. 若无合法依据，仅因操作便利或规避监管而拆分付款与开票
   若A、B公司之间无合法债权债务转移或三方协议，仅因内部财务安排、操作便利（例如B公司资金充裕代A付款）或试图规避税收监管（如通过拆分付款降低税负）而将发票开给A公司、款项由B公司支付，则该行为可能涉嫌违法。
   根据《发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务或从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应向付款方开具发票；特殊情况下由付款方向收款方开具发票。若实际付款方（B公司）与发票开具对象（A公司）不一致，且无法提供合法依据，可能被认定为“未按规定开具发票”，面临税务机关责令改正、罚款（最高1万元）等处罚；若涉及虚开发票（如无真实交易或虚构交易），还可能构成刑事犯罪（《刑法》第二百零五条）。

建议：

• 若需由B公司代A公司付款，务必签订书面协议（如三方付款协议或债权债务转移协议），明确各方的权利义务，确保发票开具对象与实际交易主体一致；
  
• 避免因操作便利或规避监管而随意拆分付款与开票，否则可能面临税务风险及法律责任。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体交易结构为您详细分析。