结论：一个法人名下两家公司，一家收发票、另一家付款的行为，其合法性不能一概而论，需结合具体交易背景、资金流向及税务处理综合判断，可能合法也可能存在风险。以下分情况说明：

1. 合法情形：符合商业实质且税务合规

若两家公司存在真实业务关联（如母子公司、总分机构或同一控制下的关联企业），且交易符合以下条件，则该行为合法：

• 业务合理性：收款方与付款方在交易中承担不同职能（如一方负责采购、另一方负责支付），且交易价格公允（符合市场价或独立交易原则）；
• 税务合规性：收款方按实际收入申报纳税，付款方凭合法凭证（如发票）列支成本，且资金流向与合同、物流等证据链一致；
• 财务独立性：两家公司财务核算清晰，不存在账外资金循环或虚构交易。

示例：A公司（法人同一）向供应商采购货物，由子公司B公司实际使用并支付货款，但合同、发票均以A公司名义开具。若B公司支付款项后，A公司通过内部往来科目核算，且税务处理符合规定，则合法。

2. 风险情形：可能涉及虚开发票或资金回流

若交易存在以下情形，则可能被认定为违法：

• 虚构交易：两家公司无实际业务往来，仅通过“走账”形式制造交易假象，以套取资金或虚增成本；
• 资金回流：付款方通过第三方（如个人账户）将资金转回收款方，形成资金闭环，逃避税务监管；
• 税务违规：收款方未申报收入或付款方取得不合规发票（如无真实业务支撑的发票），导致国家税款流失。

法律后果：根据《税收征收管理法》第六十三条，虚开发票或偷税的，可能面临补缴税款、滞纳金及罚款（0.5倍至5倍税款）；情节严重的，构成逃税罪（《刑法》第二百零一条）或虚开发票罪（《刑法》第二百零五条之一）。

3. 实务建议

• 完善交易证据链：保留合同、物流单据、付款凭证等，证明交易真实性；
• 避免资金混同：确保资金流向与业务实质一致，禁止通过个人账户周转公司资金；
• 税务合规处理：按实际业务申报纳税，避免“三流不一致”（合同流、资金流、发票流）引发的税务风险。

提示：若您涉及此类交易，建议结合具体业务模式进一步分析。如有疑问，可直接向我咨询，我将结合您的实际情况提供专业意见。