结论：由A公司开发票而B公司收款的行为是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及税务合规性和合同履行两个层面。以下从不同角度详细分析：

一、税务合规性角度

1. 发票开具与收款主体一致性的要求
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务或从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项时，收款方应当向付款方开具发票。法律并未禁止第三方代开发票，但要求发票内容与实际经营业务相符。若A公司是实际提供服务或销售商品的一方，而B公司仅代为收款，此时需满足以下条件才合法：
   
   • A公司与B公司之间存在合法有效的委托收款协议；
     
   • 发票内容真实反映A公司的经营业务；
     
   • 资金流向清晰，能证明B公司收款后最终归属于A公司（如通过银行转账备注“代收款项”）。
     

若不满足上述条件（如A、B公司无委托关系，或发票内容与实际业务不符），则可能构成“虚开发票”行为，违反《发票管理办法》第二十二条，面临税务机关处罚（如罚款、没收违法所得）。

1. 税务风险示例
   
   • 案例1：A公司向客户销售货物，但要求客户将货款支付至B公司账户，同时A公司开具发票。若A、B公司无委托收款协议，且资金未实际流转至A公司，税务机关可能认定A公司“未按规定开具发票”，B公司“未按规定取得发票”，双方均需补税并承担罚款。
     
   • 案例2：A公司实际未提供服务，但为B公司开具发票并收取“开票费”，B公司用该发票报销。此行为构成“虚开发票”，情节严重可能涉及刑事犯罪（《刑法》第二百零五条之一）。

二、合同履行角度

1. 合同相对性原则
   若A公司与客户签订的合同中明确约定“由A公司开具发票，B公司代为收款”，且客户知情并同意，则该行为合法。关键点：
   
   • 合同中需明确收款方为B公司；
     
   • 客户需书面确认同意此安排（如合同补充条款或签字确认函）。
     

若合同未约定，客户可能以“付款对象与发票开具方不一致”为由拒绝付款，或主张合同未履行，引发民事纠纷。

1. 民事风险示例
   
   • 案例：A公司与客户签订服务合同，但未在合同中约定收款方为B公司。客户按A公司要求将款项支付至B公司账户后，A公司未提供服务。客户可主张A公司未履行合同义务，要求退款并赔偿损失；B公司若无法证明资金归属，可能被牵连进诉讼。

三、合法操作建议

1. 完善内部流程

   • 签订书面委托收款协议，明确A、B公司权利义务（如资金归属、手续费等）；
     
   • 在合同中明确收款方为B公司，并取得客户书面同意；
     
   • 保留资金流转证据（如银行转账记录、委托付款说明）。

2. 税务合规操作

   • 确保发票内容与实际业务一致；
     
   • 避免“三流不一致”（资金流、货物流、发票流）；
     
   • 定期自查税务风险，必要时咨询税务机关。

总结：A公司开发票、B公司收款的行为是否合法，需结合税务合规性和合同履行情况判断。若存在合法委托关系、合同明确约定且资金流向清晰，则合法；否则可能面临税务处罚或民事纠纷。如有具体案例或合同条款需分析，可直接向我咨询。