发货给A单位但开票给B单位的行为，在大多数情况下是不合法的，可能涉及虚开发票等违法行为。以下从不同角度详细分析：
从发票管理法规的角度
根据《中华人民共和国发票管理办法》的规定，发票的开具应当与实际经营业务情况相符。这意味着，发票上的购买方名称应当与实际收到货物的单位一致。如果发货给A单位却开票给B单位，显然与实际经营业务情况不符，违反了发票管理法规的规定。
从税务合规的角度
税务部门在审核企业的税务申报时，会核对企业的发票、合同、物流等资料是否一致。如果发现发货单位与开票单位不一致，税务部门可能会认为企业存在虚开发票、偷逃税款等违法行为，从而对企业进行税务稽查、处罚等。这不仅会给企业带来经济损失，还会影响企业的信誉和声誉。
从合同履行的角度
如果发货给A单位是基于与A单位的合同约定，那么开票给B单位就可能构成对合同的违约。因为合同通常会明确约定货物的交付对象和发票的开具对象，如果一方擅自变更这些条款，就可能构成违约行为，需要承担相应的违约责任。
特殊情况下的合法性探讨
当然，也存在一些特殊情况，比如A单位和B单位之间存在委托收货或代为付款等关系，且这种关系在合同中得到了明确约定，并且能够提供充分的证据证明这种关系的真实性。在这种情况下，发货给A单位但开票给B单位可能不被视为违法行为。但这种情况非常特殊，且需要满足严格的条件。