您公司代理另一公司买货，并将发票开给另一公司的行为，在符合一定条件下是合法的。关键在于确保整个交易过程符合税法规定和商业惯例，并通过合同明确双方的权利和义务。
合法性分析：
- 从税法角度看，如果代理购买行为属于真实的商业交易，且发票内容真实、合法，符合税法关于发票管理的规定，那么这种开票行为是合法的。
- 从商业惯例角度看，代理购买并开具发票给委托方是常见的商业行为，只要双方有明确的委托关系，且交易过程透明、合法，这种行为就是被接受的。
合同约定建议：
- 明确代理关系：在合同中明确您公司作为代理方的身份，以及另一公司作为委托方的身份，确保双方对代理关系有清晰的认识。
- 描述交易细节：详细描述代理购买的具体商品、数量、价格、付款方式等交易细节，确保交易过程的透明性和可追溯性。
- 发票开具与传递：明确发票的开具方、接收方以及发票的传递方式和时间，确保发票的合法性和及时性。
- 税费承担：明确交易过程中产生的税费（如增值税、关税等）由哪一方承担，避免后续产生纠纷。
- 违约责任：约定双方违反合同义务时应承担的责任，包括但不限于赔偿损失、支付违约金等。
注意事项：
- 确保交易的真实性，避免虚假交易或虚开发票等违法行为。
- 在签订合同时，建议咨询专业律师或税务顾问，确保合同条款的合法性和有效性。
- 保留好交易过程中的相关证据和文件，以备不时之需。
综上所述，您公司代理另一公司买货并将发票开给另一公司的行为，在符合税法规定和商业惯例的前提下是合法的。为确保交易的合法性和双方权益的保护，建议通过合同明确双方的权利和义务。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。