公司认定这三个月为试用期的理由，主要基于劳动合同中的约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度为您详细分析：
一、劳动合同中的约定
试用期条款：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同可以约定试用期。试用期是用人单位和劳动者为相互了解、选择而约定的不超过六个月的考察期。如果公司在与您签订的劳动合同中明确约定了试用期为三个月，并且该约定不违反法律法规的强制性规定（如试用期最长不得超过六个月，且根据劳动合同期限的不同，试用期有相应的上限），那么公司有权按照合同约定执行。
合同签订与履行：您入职时，公司应与您签订书面劳动合同，并在合同中明确约定试用期。如果合同中确实有此约定，并且您也签字确认，那么公司依据合同认定这三个月为试用期是合法的。
二、法律法规的规定
试用期上限：根据《中华人民共和国劳动合同法》第十九条，劳动合同期限三个月以上不满一年的，试用期不得超过一个月；劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月；三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过六个月。如果您的劳动合同期限符合上述规定，并且试用期未超过相应上限，那么公司认定这三个月为试用期是合法的。
违法约定试用期的后果：如果公司违反法律规定约定试用期，如试用期超过法定上限或未在劳动合同中明确约定试用期，那么您有权向劳动行政部门投诉，要求公司承担相应的法律责任。但在此情况下，公司若已实际按照三个月执行试用期，且您未提出异议，可能视为双方对试用期的实际履行。不过，这并不改变公司违法约定试用期的性质，您仍有权在事后主张相关权益。
三、公司可能的其他理由及合法性分析
公司内部规定：有些公司可能有自己的内部规定，如新员工入职后必须经过一定期限的试用期考察。然而，这些内部规定不得违反法律法规的强制性规定。如果公司内部规定的试用期超过法定上限，那么该规定是无效的。
口头约定：如果公司仅通过口头方式与您约定试用期，而未在劳动合同中明确，那么这种约定可能缺乏法律效力。在这种情况下，公司难以仅凭口头约定来认定这三个月为试用期。
四、您的权益与应对措施
核查劳动合同：首先，您应核查与公司签订的劳动合同，确认其中是否明确约定了试用期为三个月，以及该约定是否违反法律法规的强制性规定。
与公司沟通：如果发现劳动合同中的试用期约定存在问题，或者公司未按照合同约定执行，您可以与公司进行沟通，要求公司给出合理的解释和解决方案。
寻求法律援助：如果与公司沟通无果，或者您认为公司的行为侵犯了您的合法权益，您可以向当地劳动行政部门投诉，或者寻求专业律师的法律援助，通过法律途径维护自己的权益。
总结来看，公司认定这三个月为试用期的理由主要基于劳动合同中的约定以及相关法律法规的规定。如果劳动合同中有明确约定，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司有权按照合同约定执行。如果您对公司的认定有异议，或者认为公司的行为侵犯了您的合法权益，建议您及时与公司沟通，并寻求法律援助。