不合法。下面我将从劳动合同法和工时制度两个角度进行详细分析：

1. 劳动合同法角度：

   • 根据《劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。劳动合同中约定的工资标准，是用人单位向劳动者支付劳动报酬的法律依据。
   • 在本题中，劳动合同签订的是最低工资标准2100元，但实际工作中劳动者每月获得了3000元的工资。这里的关键是，虽然实际支付的工资高于约定的最低工资标准，但并不能因此认为用人单位的做法就合法。因为劳动合同法的核心是保护劳动者的合法权益，包括工资、工时、休息休假等。
   • 如果用人单位以低于实际工作时间对应的工资标准（如按照最低工资标准）与劳动者签订劳动合同，而实际工作中又要求劳动者超时工作并支付更高的工资，这种做法实际上是在规避法律对劳动者权益的保护，因此是不合法的。

2. 工时制度角度：

   • 根据《劳动法》和《国务院关于职工工作时间的规定》，我国实行的是每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时的工时制度。
   • 在本题中，劳动者实际工作12小时，明显超过了法定的每日工作时间。即使用人单位支付了更高的工资，也不能掩盖其违反工时制度的事实。
   • 超时工作不仅损害了劳动者的身心健康，也违反了国家的工时制度。因此，用人单位的这种做法是不合法的。

综上所述，用人单位在劳动合同中签订最低工资标准2100元，但实际工作12小时发放3000每月的做法是不合法的。这种做法既违反了劳动合同法的规定，也违反了国家的工时制度。劳动者有权向劳动监察部门投诉，要求用人单位纠正其违法行为，并维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。