当工伤职工的停工留薪期超过规定时间时，可以按照以下步骤进行处理：

首先，要确认延长的必要性与合理性。如果工伤职工的伤势确实未愈，且需要继续休息以恢复健康，那么应及时考虑向劳动能力鉴定委员会提出延长停工留薪期的申请。这一步骤至关重要，因为它关乎到后续工伤待遇的享受。

接下来是提交申请材料。在申请延长停工留薪期时，工伤职工需要准备一系列相关材料，包括但不限于医疗机构出具的诊断证明、休假证明等。这些材料将作为劳动能力鉴定委员会评估是否延长以及延长时长的依据。

如果未经合法程序擅自超出停工留薪期，那么后续的工伤待遇可能会受到影响。例如，停工留薪期的工资可能无法全额发放。因此，工伤职工应严格按照规定流程办理延长手续，以避免不必要的损失。

相反，如果经过合法程序延长了停工留薪期，那么在此期间，工伤职工的原工资福利待遇将保持不变，由所在单位按月支付。这是工伤职工应享有的合法权益。

最后，如果单位拒绝支付合理待遇，工伤职工可以通过劳动仲裁等法律途径来维护自身的合法权益。在此过程中，工伤职工应保留好所有相关证据，以便在需要时进行维权。

综上所述，当工伤职工的停工留薪期超过规定时间时，应及时向劳动能力鉴定委员会提出延长申请，并准备好相关材料。同时，要严格遵守规定流程，避免擅自超期带来的不利影响。如果单位拒绝支付合理待遇，工伤职工应勇敢站出来维护自己的权益。