关于工伤员工休假超过停工留薪期后的工资计算问题，这是一个涉及法律法规和具体执行细节的重要事项。以下是我为您提供的详细解答：
一、停工留薪期工资的基本计算原则
首先，我们需要明确的是，工伤员工在停工留薪期内的工资计算，应严格遵循《工伤保险条例》的相关规定。停工留薪期工资通常按照工伤员工受伤前12个月的平均工资（包括基本工资、奖金、津贴、补贴等所有工资性收入，但加班工资的计入情况需根据地区实践和具体规定来确定）来计算，并由所在单位按月支付。
二、停工留薪期的时长确定
一般规定：停工留薪期一般不超过12个月，这个时长是根据医疗机构出具的诊断证明等相关材料来确定的。
延长条件：如果工伤员工的伤情严重或情况特殊，经过设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长停工留薪期，但延长时间也不得超过12个月。
三、休假超过停工留薪期的工资计算
当工伤员工的休假时间超过了停工留薪期，工资的计算方式会有所变化：
伤残等级评定前：如果工伤员工在停工留薪期满后仍未进行伤残等级评定，且仍需继续治疗或休息，此时工资的计算可能需要根据具体情况和当地的规定来执行。一般来说，如果单位与员工协商一致，可以继续按照停工留薪期的工资标准支付；如果协商不成，则可能需要参照当地的相关规定或劳动仲裁、法院的判定来确定。
伤残等级评定后：一旦工伤员工被评定了伤残等级，从评定伤残等级的次月起，单位将不再按照停工留薪期的工资标准发放工资，而是按照相关规定享受伤残待遇。伤残待遇的具体标准会根据伤残等级和当地的规定来确定。
四、特殊情况的处理
工资结构复杂：对于工资结构复杂的员工，如包含多种奖金、津贴等，双方可以协商解决工资计算问题；协商不成时，可以参照当地同行业平均工资水平或依据劳动仲裁、法院的判定来确定。
工资调整期间受伤：如果工伤员工在工资调整期间受伤，应以调整后的工资作为计算停工留薪期工资的标准，以确保员工不因工伤而失去应得的工资增长权益。
五、用人单位的责任
用人单位在工伤员工停工留薪期间，有义务按时足额支付工资，不得因工伤而降低员工的工资福利待遇。如果用人单位未按规定支付，工伤员工可以通过劳动争议仲裁等法律途径来维护自己的权益，要求补足差额并支付经济补偿。
综上所述，工伤员工休假超过停工留薪期后的工资计算是一个复杂而细致的问题，需要综合考虑多个因素。如果您或您的单位遇到此类问题，建议咨询专业的劳动法律人士或当地劳动保障部门，以确保员工的合法权益得到充分保障。