公司上一天三薪要扣一天休息的做法是违法的。

首先，从劳动法的角度来看，劳动者的休息权是受到法律保护的。《劳动法》明确规定，劳动者享有休息的权利，国家发展劳动者休息和休养的设施，规定职工的工作时间和休假制度。因此，公司不能随意剥夺劳动者的休息日。

其次，关于“上一天三薪”的待遇，这通常是公司为了激励员工在特定时间（如节假日或加班时）工作而提供的加班补偿。然而，这种补偿方式并不能成为剥夺员工休息日的理由。即使员工同意在休息日工作并接受三薪作为补偿，这种同意也不能违反法律的强制性规定，即劳动者有权享有法定的休息日。

最后，如果公司强制要求员工在休息日工作，并以“上一天三薪”作为补偿，这实际上是对员工休息权的侵犯。员工可以依法向公司提出异议，要求保障自己的休息权利。如果公司拒绝改正，员工还可以向劳动监察部门投诉，寻求法律的保护。

综上所述，公司上一天三薪要扣一天休息的做法是违法的，侵犯了劳动者的休息权利。劳动者应当积极维护自己的合法权益，必要时可以寻求法律途径进行维权。