关于“员工协议解除合同后，发现员工有违纪行为，员工还能拿到赔偿金吗”这个问题，我们可以从以下几个方面进行分析和回答：
结论前置
员工在协议解除合同后，如果被发现存在违纪行为，是否能拿到赔偿金，主要取决于几个关键因素：合同解除时是否已知违纪行为、赔偿金的支付条件以及违纪行为的性质与后果。一般来说，如果合同解除时未知违纪行为，且赔偿金支付条件未明确排除违纪情况，员工仍有可能获得赔偿金；但如违纪行为严重且对雇主造成了实质性损害，雇主可能会依据相关法律规定或合同条款追究员工的责任。
具体分析
合同解除时是否已知违纪行为：
- 如果在解除合同之前，雇主已经知晓员工的违纪行为，并且这一行为是解除合同的原因之一，那么雇主通常不会支付赔偿金，或者会在解除协议中明确扣除相应部分。
- 如果解除合同之后才发现违纪行为，且该行为并未作为解除合同的条件，那么雇主仍需按照协议支付赔偿金，但可能会保留追究员工违纪责任的权利。
赔偿金的支付条件：
- 赔偿金支付条件通常会在合同中明确。如果合同中没有特别规定违纪行为会影响赔偿金的支付，那么员工在解除合同后仍有权要求支付赔偿金。
- 但如果合同中明确规定了违纪行为将导致赔偿金支付的中止或减少，那么雇主可以依据合同条款拒绝支付或减少支付赔偿金。
违纪行为的性质与后果：
- 轻微的违纪行为，如迟到、早退等，通常不会严重影响赔偿金的支付。
- 但如果违纪行为严重，如盗窃、泄露商业秘密等，不仅可能导致赔偿金支付的中止，还可能引发法律诉讼，要求员工承担相应的法律责任。
法律建议
- 在签订解除协议前，双方应充分沟通并明确赔偿金的支付条件及可能存在的违纪行为影响。
- 如果发现员工有违纪行为，雇主应及时收集证据，并依据合同约定或相关法律规定采取相应措施。
- 员工在离职前也应确保自己的行为符合合同约定及法律法规要求，以避免可能的法律纠纷。
综上所述，员工在协议解除合同后是否能拿到赔偿金，需要根据具体情况来判断。如果合同解除时未知违纪行为，且赔偿金支付条件未明确排除违纪情况，员工仍有可能获得赔偿金。但如违纪行为严重且对雇主造成了实质性损害，雇主可能会依据相关法律规定或合同条款追究员工的责任。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。