分店经营不好撤店时，关于员工的补偿问题，主要依据《劳动合同法》的相关规定来处理。以下是对这一问题的详细解答：

一、赔偿原则

1. 经济补偿性质：分店撤店导致的劳动合同解除或无法继续履行，且双方未能就变更劳动合同达成一致时，用人单位应依法向员工支付经济补偿金。这是一种为保障员工在劳动关系终止或变更时的合法权益而设立的补偿制度。

2. 无需赔偿的情况：如果分店撤店后，用人单位能够为员工合理安排其他工作岗位，且员工接受了这一安排，那么用人单位无需向员工支付经济补偿金。关键在于劳动合同能否继续履行以及双方是否能就变更合同达成一致。

二、经济补偿的计算方法

经济补偿金的计算主要依据员工在本单位的工作年限来确定：

1. 每满一年：支付一个月工资的经济补偿金。
2. 六个月以上不满一年：按一年计算，即支付一个月工资的经济补偿金。
3. 不满六个月：支付半个月工资的经济补偿金。

其中，月工资指的是员工在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。若员工的月工资高于所在地市级人民政府公布的上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿标准按该三倍数额支付，但支付年限最高不超过十二年。

三、特殊情况的处理

1. 未提前通知的补偿：如果用人单位未提前三十日以书面形式通知员工本人解除劳动合同，需额外支付一个月工资作为代通知金。

2. 违法解除劳动合同的赔偿：若用人单位撤店并非基于客观情况必须解除劳动合同，或解除劳动合同的程序不符合法律规定，则属于违法解除。此时，用人单位应按经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金。

四、员工权益保护与维权途径

1. 了解权益：员工应主动了解自身在分店撤店情况下的权益，包括经济补偿的计算方法和特殊情况的处理等。

2. 与公司协商：员工可与用人单位就经济补偿事宜进行协商，争取达成双方都能接受的解决方案。

3. 保留证据并维权：员工应妥善保留与用人单位的劳动合同、工资条、考勤记录等相关证据。若协商不成，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

综上所述，分店经营不好撤店时，关于员工的补偿问题应依据《劳动合同法》的相关规定来处理。员工应全面了解自身权益，并与用人单位进行协商，以争取合理的经济补偿。若协商不成，可通过法律途径来维护自己的合法权益。