公司撤店时，应根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定向员工支付经济补偿。补偿标准主要依据员工的工作年限和月工资水平确定，同时需结清所有未结款项。若未提前三十日以书面形式通知员工，还需额外支付一个月工资作为代通知金。以下是详细分析：
经济补偿标准：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限支付。具体为：每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
- 月工资是指劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。若劳动者的月平均工资高于所在地政府公布的上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿的标准将按职工月平均工资三倍的数额支付，且最高不超过十二年。
支付流程与未结款项：
- 公司应在解除劳动合同时出具证明，并在十五日内办理档案和社会保险关系转移手续。
- 同时，按照法律规定的时间和标准支付经济补偿，通常在工作交接时进行。
- 公司还需结清员工的工资、加班费等所有未结清的款项。
代通知金：
- 若公司未提前三十日以书面形式通知员工解除劳动合同，则需额外支付一个月工资作为代通知金。
社保补缴与双倍工资差额：
- 如果公司未给员工缴纳社保，员工有权要求公司补交社保至离职月。
- 如果公司未与员工签订劳动合同，员工还可以要求公司支付双倍工资差额。
额外福利或补偿：
- 公司可根据自身实际情况和政策为员工提供额外的福利或补偿，如就业推荐、培训机会等，以帮助员工更好地过渡到新的工作环境。
地区差异与公司政策：
- 具体的补偿方式和标准可能会因地区、行业以及公司的具体情况而有所不同。因此，建议员工与公司进行充分的沟通和协商。
违法解除劳动合同的赔偿：
- 若用人单位撤店并非基于客观情况必须解除劳动合同，或解除劳动合同的程序不符合法律规定，则属于违法解除。此时，用人单位应按经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
综上所述，公司撤店时的员工补偿涉及多个方面，包括经济补偿、社保补缴、双倍工资差额等。员工应全面了解自身权益，并与公司进行充分协商。如有争议，可通过法律途径解决。