对于“不属于单位的员工申请劳动仲裁，单位怎么处理”的问题，以下是我作为专业律师给出的详细解答：
结论前置：单位在面对不属于本单位的员工提起劳动仲裁时，应首先明确自身与该员工之间是否存在劳动关系，并据此进行有针对性的应对。如果确实不存在劳动关系，单位应积极收集证据，准备答辩材料，以维护自身合法权益。
一、核实劳动关系
- 审查员工身份：单位应仔细审查该员工的身份资料、入职记录、劳动合同等，确认其是否确实不属于本单位员工。
- 沟通了解：与申请人进行沟通，了解其申请仲裁的具体原因和诉求，进一步核实劳动关系情况。
二、准备答辩材料
如果确认该员工不属于本单位，单位应准备以下答辩材料：
- 证据材料：收集并整理与该员工不存在劳动关系的证据，如员工名单、工资发放记录、社保缴纳记录等。
- 答辩书：撰写详细的答辩书，阐述单位与该员工不存在劳动关系的事实和理由，并针对申请人的诉求进行逐一反驳。
三、参与仲裁程序
- 出庭应诉：单位应按时参加仲裁庭审，尊重仲裁庭的纪律和程序。
- 陈述答辩：在庭审过程中，清晰、准确地陈述单位的答辩观点和理由，并提供相关证据支持。
- 质证与辩论：对申请人提交的证据进行质证，指出其存在的问题；同时，与申请人进行辩论，有力反驳其观点和理由。
四、后续应对
- 等待裁决：庭审结束后，耐心等待仲裁机构的裁决结果。
- 分析裁决并决定是否上诉：收到裁决书后，认真分析裁决结果。如对裁决不满意，单位可以考虑上诉，但在上诉前应咨询专业律师意见，评估上诉的成本和风险。
五、注意事项
- 保持冷静：面对劳动仲裁，单位应保持冷静，理性应对，避免情绪化处理。
- 积极配合：在仲裁过程中，单位应积极配合仲裁庭的调查和取证工作。
- 保护商业秘密：在答辩和庭审过程中，注意保护单位的商业秘密和敏感信息，避免泄露。
综上所述，单位在面对不属于本单位的员工提起劳动仲裁时，应明确劳动关系、准备答辩材料、积极参与仲裁程序，并根据裁决结果进行相应的后续应对。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。