结论前置：签了自愿不交社保协议，该协议本身不合法，且劳动者在符合法定情形时仍可以申请经济补偿。以下为你详细分析：

1. 自愿不交社保协议的合法性

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第七十二条规定，社会保险基金按照保险类型确定资金来源，逐步实行社会统筹。用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。这意味着，缴纳社会保险是用人单位和劳动者的法定义务，具有强制性，不能通过双方协商一致而免除。
   • 所以，即使劳动者与用人单位签订了自愿不交社保的协议，该协议也因违反了法律的强制性规定而无效。用人单位不能以该协议为由，拒绝为劳动者缴纳社会保险。

2. 劳动者申请经济补偿的情形

   • 以未依法缴纳社保为由解除劳动合同：如果用人单位未依法为劳动者缴纳社会保险费，劳动者可以依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条第一款第三项的规定，解除劳动合同。并且，根据该法第四十六条第一项的规定，劳动者以此为由解除劳动合同的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿。
   • 经济补偿的计算标准：经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

举例说明：小李在某公司工作了3年，公司一直未给他缴纳社会保险，小李与公司签订了自愿不交社保的协议。后来小李了解到该协议无效，便以公司未依法缴纳社保为由提出解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿。在这种情况下，公司应当按照小李3年的工作年限，支付他3个月工资的经济补偿。

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