结论：是否告知单位您患有丙肝需结合具体情况判断；办理离职是否有补偿，取决于离职原因和单位行为是否符合法律规定。以下分情况详细说明：
一、是否应告知单位您患有丙肝？
从法律角度：
- 丙肝属于传染病，但根据《传染病防治法》，除特定岗位（如食品加工、托幼机构等）外，劳动者无需主动向单位披露病情。若您的工作不涉及上述特殊岗位，且病情不影响正常履职，您有权选择不告知。
- 若病情导致您无法胜任原工作（如需长期治疗、体力下降等），根据《劳动合同法》第四十条，单位可与您协商调整岗位或解除合同，但需支付经济补偿。此时，您可权衡利弊后决定是否告知。
从实际角度：
- 若您希望单位提供合理便利（如调整工作时间、安排轻体力岗位等），可主动告知病情，并依据《就业促进法》要求单位提供帮助。
- 若您担心单位因此歧视或解除合同，可暂不告知，但需保留医疗证明，以备后续维权。
二、办理离职是否有补偿？
离职补偿需根据离职原因判断，常见情形如下：
单位违法解除合同：
- 若单位以您患有丙肝为由单方解除合同，且无法证明您无法胜任工作或存在其他法定解除情形，属于违法解除。根据《劳动合同法》第八十七条，您有权要求单位支付赔偿金（标准为经济补偿的2倍）。
协商一致解除合同：
- 若您与单位协商一致离职，根据《劳动合同法》第四十六条，单位需支付经济补偿（标准为每工作满1年支付1个月工资）。
您主动辞职：
- 若您因个人原因主动辞职，且无单位过错（如拖欠工资、未缴社保等），通常无经济补偿。但若您因病情无法继续工作，可尝试与单位协商补偿。
单位未提供劳动条件或拖欠工资等：
- 若单位存在未提供劳动保护、拖欠工资等违法行为，您可依据《劳动合同法》第三十八条被迫离职，并要求单位支付经济补偿。
三、建议
- 保留证据：保存医疗证明、劳动合同、工资记录等，以备维权。
- 协商优先：与单位沟通时，明确诉求（如调整岗位、补偿等），尽量协商解决。
- 申请劳动仲裁：若协商无果，可向当地劳动仲裁委员会申请仲裁，维护合法权益。
如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合您的具体情况提供更详细的解答。