关于您提出的“投诉单位未交社保，劳动关系缺失申请撤诉是否合法”的问题，这确实是一个涉及多方面因素的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，投诉单位未交社保这一行为本身，是劳动者维护自身合法权益的一种正当途径。而申请撤诉，则是在投诉或举报后，根据具体情况和自身考虑，决定不再继续追究的一种选择。但撤诉的可行性，并非完全由劳动者单方面决定，而是受到多种因素的影响。
一、举报渠道与撤诉可能性
向劳动监察部门举报：
- 在一般情况下，如果举报尚未进入深入调查或法律程序，且您与用人单位已经达成和解（如用人单位同意补缴社保），您可以向劳动监察部门说明情况并申请撤诉。
- 但是，如果劳动监察部门已经立案调查，并且发现用人单位存在严重违法行为（如大规模、长时间故意不缴社保），那么即便您申请撤诉，劳动监察部门也可能继续查处，以保护公共利益。
向社会保险经办机构举报：
- 如果举报后，用人单位积极配合并承诺补缴社保，在调查未正式开展或进行中，您可以尝试提出撤诉申请。社会保险经办机构会根据具体情况决定是否同意。
- 如果经办机构已完成调查并认定用人单位存在违法行为，作出处理决定后，您再申请撤诉通常不会被允许，这是为了维护社保制度的严肃性和规范性。
通过劳动仲裁或诉讼途径主张社保权益：
- 在劳动仲裁阶段，仲裁受理后、裁决作出前，如果您与用人单位达成和解协议，可以向仲裁委申请撤回仲裁申请。仲裁委会审查和解协议的合法性和自愿性，符合要求则准许撤诉。
- 在诉讼阶段，一审判决前，您可以申请撤诉，由人民法院裁定。法院会综合考虑案件情况，如双方是否真正和解、撤诉是否损害公共利益等。二审阶段申请撤回上诉则需经法院更加谨慎的审查。
二、撤诉的合法性与考虑因素
- 合法性：撤诉本身是一种法律行为，只要符合相关法律法规和程序要求，就是合法的。但是，撤诉并不意味着用人单位的违法行为得到了豁免或认可，也不影响劳动监察部门或社会保险经办机构依法对用人单位进行查处。
- 考虑因素：在决定是否撤诉前，您应充分了解所有情况，包括用人单位的违法行为严重性、对公共利益的影响、自身权益的保障等。同时，您也可以咨询专业法律顾问或律师，以准确了解权利和责任，以及撤诉的具体流程和要求。
三、建议与提醒
- 在决定撤诉前，请务必权衡个人权益与公共利益，避免因轻率撤诉而放任违法行为，损害自身及他人的合法权益。
- 如果举报已经进入法律程序，建议您咨询专业法律顾问或律师，以确保您的决策符合法律法规要求，并最大程度地保护您的合法权益。
综上所述，投诉单位未交社保后申请撤诉的合法性取决于多种因素，包括举报渠道、处理阶段以及公共利益等。在做出决策前，请务必充分了解情况并咨询专业意见。