关于病假超过三个月的工资计算问题，这确实是一个涉及多方面因素的复杂问题。首先，需要明确的是，具体的计算方式会受到当地法规、公司政策以及劳动合同的共同影响。不过，我可以为您提供一个基本的计算框架和一些关键信息，帮助您更好地理解这个问题。
一、基本法律依据
根据原劳动部《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条，职工在患病或非因工负伤治疗期间，企业应支付病假工资或疾病救济费，且该费用不得低于当地最低工资标准的80%。这是保护劳动者权益的基本底线。
二、医疗期时长与工龄关系
医疗期的时长是根据员工的实际工作年限和在本单位的工作年限来确定的。具体来说：
- 实际工作年限10年以下的，本单位工作年限5年以下为3个月，5年以上为6个月。
- 实际工作年限10年以上的，医疗期会更长，具体根据本单位工作年限的不同，从6个月到24个月不等。
三、病假工资与疾病救济费的计算
病假工资（连续休假6个月以内）：
- 病假工资的计算通常与员工的连续工龄挂钩。例如，连续工龄不满2年的，可能按本人工资的60%计发；连续工龄满8年及以上的，则可能按本人工资的100%计发。具体比例可能因地区和公司政策而异。
疾病救济费（连续休假超过6个月）：
- 如果病假超过6个月，则可能进入疾病救济费的支付阶段。此时，支付比例通常会比病假工资低一些。例如，连续工龄不满1年的，可能按本人工资的40%计发；连续工龄满3年及以上的，则可能按本人工资的60%计发。
四、地方差异与公司政策
- 地方差异：不同地区对于病假工资和疾病救济费的计算标准和规定可能存在差异。例如，上海和江苏等地就有各自的具体规定，包括不同的工龄段划分和支付比例。
- 公司政策：除了地方法规外，公司政策或劳动合同中也可能有更具体的约定。因此，在计算病假工资时，应首先查阅当地劳动法规，并咨询公司人事部门以了解具体的计算方式和比例。
五、实际操作建议
- 了解当地政策：不同地区对于病假工资的计算标准和规定存在差异，建议您先了解并遵循当地政策。
- 咨询公司政策：查看公司规章制度或劳动合同中的相关条款，以确定具体的计算方式和比例。
- 保留相关证据：在申请病假时，务必保留好医院出具的病假证明等相关证据，以便在需要时提供证明。
- 寻求专业帮助：如果病假超过了规定的医疗期，或对于计算方式存在疑问，建议您寻求专业法律人士的帮助以保护自身权益。
综上所述，病假超过三个月的工资计算方式需综合考虑当地法规、公司政策及劳动合同。在实际操作中，应充分了解相关规定并咨询公司人事部门以确保准确计算。希望这些信息能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。