企事业单位制定的内退协议被认定为无效，造成职工资损失时，单位是需要赔偿损失的。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者之间签订的协议应当合法、有效，且不得违反法律、法规的强制性规定。若协议被认定为无效，则自始没有法律约束力。
   • 当协议无效导致劳动者工资损失时，劳动者有权要求用人单位承担赔偿责任。

2. 赔偿范围：

   • 赔偿范围通常包括因协议无效而直接导致的工资损失，以及可能产生的其他合理损失，如因工资损失导致的社保缴纳中断、医疗费用无法报销等。
   • 具体赔偿数额应根据劳动者的实际损失情况来确定，并需通过法律程序进行认定。

3. 法律程序：

   • 劳动者在发现内退协议无效且造成工资损失后，应首先与用人单位进行协商，要求赔偿。
   • 若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，或依法提起劳动仲裁、诉讼，以维护自己的合法权益。

4. 建议：

   • 劳动者在签订内退协议时，应仔细审查协议内容，确保其合法性、有效性，并避免签订可能损害自己权益的协议。
   • 若协议被认定为无效且造成损失，劳动者应及时采取措施维护自己的权益，包括与用人单位协商、投诉、仲裁或诉讼等。

综上所述，企事业单位制定的内退协议若被认定为无效，且因此造成职工资损失时，单位是需要承担赔偿责任的。劳动者应依法维护自己的权益，确保获得应有的赔偿。