结论：公司盗窃案立案后若查不出公司（此处应理解为无法确定盗窃行为是否由公司整体行为导致或公司是否为盗窃主体，实际更可能是查不出具体盗窃者或盗窃行为与公司无直接关联）与盗窃的直接关联，公司仍然可以在一定条件下起诉员工，但具体需根据盗窃行为的性质、证据情况以及公司内部规定等因素综合判断。

分析说明：

1. 盗窃行为的性质：

   • 如果盗窃行为是员工个人行为，且与公司无关，公司作为受害者，有权依据《刑法》中关于盗窃罪的规定，向公安机关报案，并要求追究盗窃员工的刑事责任。同时，公司也可以依据《民法典》中关于侵权责任的规定，向法院提起民事诉讼，要求盗窃员工赔偿公司损失。
   • 如果盗窃行为被误认为或试图归咎于公司整体行为，但经调查无法证实，且实际为个别员工所为，公司同样有权起诉该员工。

2. 证据情况：

   • 在起诉员工之前，公司需要收集足够的证据来证明员工的盗窃行为。这包括但不限于监控录像、证人证言、物品丢失记录等。如果证据不足，公司可能面临起诉失败的风险。
   • 如果公安机关已经立案但查不出具体盗窃者或盗窃行为与公司无直接关联，公司仍然可以自行收集证据，并在证据充分的情况下起诉员工。

3. 公司内部规定：

   • 公司内部可能有关于员工行为规范、奖惩制度等规定。如果员工的盗窃行为违反了这些规定，公司有权依据内部规定对员工进行处理，包括起诉员工要求赔偿损失。

法律建议：

• 收集证据：公司应尽快收集与盗窃行为相关的证据，包括监控录像、物品丢失记录、证人证言等，以便在起诉员工时提供有力支持。
• 咨询律师：在起诉员工之前，公司应咨询专业律师，了解相关法律规定和诉讼程序，确保起诉的合法性和有效性。
• 考虑内部处理：如果盗窃行为情节较轻，且员工认错态度良好，公司也可以考虑通过内部处理的方式解决问题，如警告、罚款、解雇等。但内部处理不应替代法律追究，如果盗窃行为构成犯罪，公司仍应向公安机关报案并追究员工的刑事责任。

可能后果：

• 如果公司能够提供充分证据证明员工的盗窃行为，法院可能会判决员工承担刑事责任（如果构成犯罪）和民事责任（赔偿公司损失）。
• 如果证据不足或无法证明员工的盗窃行为，公司可能面临起诉失败的风险，且无法获得赔偿。

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