员工贪污后，即便公司不追究，公安机关在符合法定条件的情况下仍然可以立案。以下是对此问题的详细分析：

一、法律责任认定

1. 贪污罪的构成：

   • 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，贪污罪是指国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的行为。若员工属于国家工作人员，且其行为符合贪污罪的构成要件，则可能面临刑事追究。
   • 对于非国家工作人员，若其利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，则可能构成职务侵占罪，同样面临刑事追究。

2. 公司不追究的法律效果：

   • 公司作为被害单位，其是否追究员工的刑事责任，并不影响公安机关对犯罪行为的立案侦查。公安机关的立案侦查是基于犯罪行为的客观存在和法定条件，而非被害单位的意志。

二、公安机关立案的条件

1. 有犯罪事实：

   • 公安机关在接到报案、控告、举报或自首材料后，会进行初步审查，确认是否存在犯罪事实。若员工贪污行为确实存在，且证据充分，则满足立案的第一个条件。

2. 需要追究刑事责任：

   • 除了有犯罪事实外，还需要考虑是否需要追究刑事责任。这通常涉及犯罪的性质、情节、社会危害程度等因素。若员工贪污行为情节严重，社会危害大，且不属于法定不追究刑事责任的情形（如已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚等），则公安机关可以立案。

3. 属于自己管辖：

   • 公安机关还需确认该犯罪行为是否属于其管辖范围。若员工贪污行为发生在其辖区内，或虽发生在辖区外但根据相关规定应由其管辖，则公安机关可以立案。

三、公司应对措施与建议

1. 及时报案：

   • 若公司发现员工存在贪污行为，应及时向公安机关报案，并提供相关证据材料。这有助于公安机关及时立案侦查，追回损失，并维护公司的合法权益。

2. 内部调查与整改：

   • 公司应启动内部调查程序，查明贪污行为的具体情况和涉及人员。同时，对公司内部管理进行整改，加强风险防范和合规管理，防止类似事件再次发生。

3. 配合司法机关调查：

   • 公司及员工应积极配合司法机关的调查工作，如实陈述事实，并提供相关证据。这有助于司法机关查明真相，公正处理案件。

四、可能的法律后果

1. 刑事责任：

   • 若员工贪污行为构成犯罪，且被公安机关立案侦查并移送起诉，则可能面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役、罚金等。

2. 民事责任：

   • 除了刑事责任外，员工还可能面临民事赔偿责任。若其行为给公司造成了经济损失，公司有权要求其赔偿损失。

总结来说，员工贪污后，即便公司不追究，公安机关在符合法定条件的情况下仍然可以立案。公司应积极配合司法机关的调查工作，并加强内部管理，防止类似事件再次发生。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。