员工起诉公司未交社保，公司补偿社保后的入账处理需分情况讨论，具体如下：

1. 若公司直接以货币形式补偿员工未缴社保的损失
   这种情况下，补偿款本质属于“应付职工薪酬”中的“赔偿金”或“福利费”范畴。入账时需区分会计科目：

   • 会计分录：
     借：管理费用/销售费用等（根据员工岗位归属部门）
     贷：应付职工薪酬——赔偿金/福利费
     实际支付时：
     借：应付职工薪酬——赔偿金/福利费
     贷：银行存款
     
   • 税务处理：
     根据《企业所得税法》第八条，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出可税前扣除。但需注意：若补偿款被认定为“社保费用替代”，可能因违反社保强制性规定而不被允许税前扣除；若定性为“违约赔偿”，则可扣除。建议保留员工起诉的法院判决书、补偿协议等文件作为税前扣除凭证。

2. 若公司后续为员工补缴社保（含公司承担部分+个人承担部分）
   此时需分两步处理：

   • 第一步：补缴公司应承担的社保部分
     会计分录：
     借：管理费用/销售费用等——社保费（公司部分）
     贷：银行存款
     
   • 第二步：代扣代缴员工个人应承担的社保部分
     若公司已从员工工资中代扣但未缴纳，需先冲减“其他应付款”：
     借：其他应付款——代扣社保（个人部分）
     贷：银行存款
     若未代扣，需由公司垫付后向员工追偿（实务中建议避免此情况）：
     借：其他应收款——员工社保垫付款
     贷：银行存款
     
   • 税务处理：
     补缴的社保费用（公司部分）可依法税前扣除；代扣代缴的个人部分不属于企业收入或支出，不涉及税务问题。

3. 特殊情形：员工放弃补缴，要求现金补偿
   若员工明确放弃补缴社保并签署书面协议（注意：此类协议可能因违反《社会保险法》强制性规定而被认定无效），公司支付的补偿款需按“工资薪金”或“赔偿金”处理：

   • 会计分录：
     借：管理费用/销售费用等
     贷：应付职工薪酬——工资/赔偿金
     实际支付时：
     借：应付职工薪酬——工资/赔偿金
     贷：银行存款
     
   • 税务风险：
     员工可能需就补偿款缴纳个人所得税（按“工资薪金所得”或“偶然所得”计征）；公司可能因未履行社保缴纳义务被社保部门处罚（如滞纳金、罚款），且补偿款可能无法税前扣除。

实务建议：

1. 优先通过补缴社保解决纠纷，避免现金补偿的税务和法律风险；
   
2. 若必须现金补偿，务必留存法院判决书、补偿协议等文件，并咨询税务机关确认税前扣除可行性；
   
3. 定期自查社保缴纳情况，降低被起诉风险。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询社保合规、劳动纠纷处理等领域的法律问题。