当员工起诉公司未缴纳社保时，赔偿问题通常涉及多个方面，下面我将为您详细阐述：

一、补缴社保

首先，劳动监察部门会责令公司补缴劳动关系存续期间的社保费用。这是最直接且常见的处理方式，旨在确保员工能够享受到应有的社保待遇。补缴社保是公司的法定义务，一旦被查实未缴纳，公司必须履行补缴责任。

二、经济补偿

除了补缴社保外，根据《劳动合同法》的相关规定，如果公司未依法为员工缴纳社保，员工有权以此为由解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿。经济补偿的标准是按照员工在本单位工作的年限来计算，每满一年支付一个月工资。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，则向员工支付半个月工资作为经济补偿。

三、赔偿损失

如果因为公司未交社保，导致员工无法享受社保待遇而遭受了实际损失，比如工伤保险待遇损失、医疗保险无法报销的医疗费用等，公司应当承担相应的赔偿责任。具体赔偿数额需要根据员工的实际损失情况来确定，并可能需要通过法律程序进行裁决。

四、维权准备

为了维护自己的合法权益，员工在起诉公司未缴纳社保时，需要准备充分的证据。这些证据包括但不限于劳动合同、工资条、工作证等能够证明劳动关系及欠缴社保的证据。通过合法途径维权，如向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁、民事诉讼等，是确保自己权益得到保障的关键。

五、费用问题

关于起诉公司未缴纳社保的费用问题，如果案件属于劳动争议案件，那么受理费通常为10元。不过，在劳动仲裁前置的情况下，先进行劳动仲裁，仲裁一般是不收费的。如果涉及其他类型的民事合同纠纷等案件，受理费则根据诉讼请求的金额或价额按照一定比例分段累计交纳。

综上所述，当员工起诉公司未缴纳社保时，赔偿问题不仅涉及补缴社保费用，还可能包括经济补偿和赔偿损失等多个方面。为了确保自己的权益得到保障，员工需要准备充分的证据并通过合法途径进行维权。如果您正面临这样的问题，建议咨询专业的法律人士以获取更具体的帮助和指导。