结论前置：煤矿因工伤扣安全员工资一般不合理，具体工资扣除情况需结合实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
从法律规定角度
- 工伤责任与工资扣除的关联性
根据《工伤保险条例》等相关法律法规，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病进行治疗，享受工伤医疗待遇，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这意味着，如果安全员发生了工伤，在停工留薪期内，煤矿是无权扣除其工资的。
例如，安全员在煤矿作业过程中因意外受伤，需要住院治疗一段时间，在这段停工留薪期内，煤矿应按照其原来的工资标准全额支付工资，不能因为工伤事件就扣除工资。
- 安全员职责与工资扣除的合法性
如果安全员存在故意或重大过失导致工伤事故发生，煤矿想要扣除其工资，也需要有明确的规章制度作为依据，并且该规章制度要符合法律规定，经过民主程序制定并公示。即便如此，扣除工资的比例也不能过高，一般不能超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
比如，煤矿制定了详细的安全管理制度，明确规定安全员在故意违反操作规程导致工伤事故时，可扣除一定比例工资，该制度经过了职工代表大会讨论通过并公示。在这种情况下，如果安全员确实存在故意违规行为，煤矿可以按照制度扣除相应工资，但要遵守扣除比例和最低工资标准的限制。
从实际情况角度
- 工伤原因的复杂性
有些工伤事故可能是多种因素共同作用导致的，不能简单地将责任归咎于安全员。例如，煤矿的设备老化、作业环境恶劣等客观因素也可能是引发工伤的重要原因。在这种情况下，煤矿扣除安全员工资就缺乏合理性。
假设煤矿的通风设备长期未进行维护，导致井下瓦斯浓度超标，最终引发爆炸事故造成安全员受伤。此时，主要责任在于煤矿对设备维护的疏忽，而不应扣除安全员的工资。
- 工资扣除的合理性判断
即使安全员对工伤事故负有一定责任，煤矿在扣除工资时也应充分考虑其责任大小、经济状况等因素。如果扣除工资过多，可能会影响安全员及其家庭的基本生活，这也不符合法律的精神和社会的公平正义原则。
比如，安全员因疏忽导致了一起轻微的工伤事故，造成的损失较小，而煤矿却扣除其大量工资，使其生活陷入困境，这种扣除方式就明显不合理。
建议：如果煤矿不合理地扣除安全员工资，安全员可以先与煤矿进行协商，要求其补发被扣除的工资；如果协商不成，可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。如果你还有其他关于煤矿工伤或工资方面的疑问，欢迎随时向我咨询。