核心结论：未考勤扣分与额外加班的处理需分情况讨论，主要涉及公司规章制度合法性、加班补偿方式及劳动者权益保护三个层面。以下从法律角度展开分析：

1. 未考勤扣分的合法性边界

• 制度依据：公司可通过规章制度对考勤进行管理，但需满足《劳动合同法》第四条规定的民主程序（如职工代表大会讨论、公示等）。若制度未经合法程序制定，扣分行为可能被认定为违法。
• 扣分后果：若扣分直接影响工资（如与绩效挂钩），需符合《工资支付暂行规定》第十六条，即扣减后工资不得低于当地最低工资标准。若扣分仅作为内部管理手段（如影响晋升），则需确保制度内容不违反公序良俗。
• 劳动者救济：若认为扣分不合理，可要求公司出具书面依据，或通过劳动监察部门投诉。

2. 额外加班的补偿方式

• 法定标准：根据《劳动法》第四十四条，加班补偿分为三种情形：
  • 工作日加班：支付不低于工资150%的加班费；
  • 休息日加班：优先安排补休，无法补休的支付200%工资；
  • 法定节假日加班：支付300%工资，且不得以补休替代。
• 举证责任：劳动者需证明加班事实（如考勤记录、工作邮件等）。若公司未记录考勤，可主张按实际工作时间计算加班费。
• 特殊情形：若公司实行不定时工作制或综合计算工时制，需经劳动行政部门审批，且加班补偿规则可能不同。

3. 未考勤与加班的关联处理

• 制度冲突：若公司以“未考勤”为由拒绝承认加班，需区分两种情况：
  • 故意未考勤：如劳动者未履行请假手续擅自离岗，公司可不予认可加班；
  • 客观无法考勤：如因公司系统故障、外勤工作等导致无法打卡，公司应通过其他证据（如工作记录、客户证明）核实加班事实。
• 建议操作：劳动者可保留加班证据（如工作成果、沟通记录），并在发生纠纷时向劳动仲裁机构申请裁决。

温馨提示：若您遇到公司以“未考勤”为由克扣加班费，或加班补偿未达法定标准，可进一步提供具体细节（如公司制度内容、加班时长等），我将为您分析维权路径。