结论：公司未按照考勤扣工分是否违法，需结合具体情况判断，包括公司规章制度是否合法、考勤与工资扣除的关联性、扣除比例是否合理等因素。以下从不同角度详细分析：

一、公司规章制度合法性是前提

1. 规章制度需经民主程序制定
   根据《劳动合同法》第四条，公司规章制度（如考勤制度、工资扣除规则）需经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定。若公司未履行此程序，规章制度可能被认定为无效，据此扣工分的行为也可能违法。

2. 规章制度需公示或告知员工
   公司需将规章制度通过培训、签字确认、邮件等方式告知员工。若员工不知情，公司以未公示的制度扣工分，可能构成违法。

举例：若公司未召开职工大会讨论考勤制度，也未让员工签字确认，直接以“迟到1次扣10分”为由扣工资，员工可主张制度无效，要求补发工资。

二、考勤与工资扣除的关联性需合理

1. 工资扣除需与考勤直接相关
   公司扣工分需基于考勤记录（如迟到、早退、旷工），且扣除的工分需与工资直接挂钩（如1分=10元）。若公司以“考勤不达标”为由扣绩效工资，但绩效工资与考勤无明确关联，可能违法。

2. 扣除比例需符合法律规定
   根据《工资支付暂行规定》第十六条，因员工原因给公司造成损失的，公司可按劳动合同约定扣除工资，但每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。若公司扣工分导致工资低于此标准，可能违法。

举例：员工月工资5000元，公司因迟到扣500分（1分=10元），共扣5000元，导致工资为0，明显超过20%限制，员工可要求公司补发差额。

三、特殊情况下的合法性分析

1. 员工同意扣除
   若员工书面同意公司扣工分（如签订《工资扣除协议》），且扣除比例合理，可能被认定为合法。但需注意，员工同意不得违反法律强制性规定（如最低工资标准）。

2. 公司存在合法依据
   若公司规章制度明确规定“旷工1天扣3天工资”，且该制度经民主程序制定并公示，员工旷工时公司扣工分可能合法。但此类条款易被认定为“克扣工资”，需谨慎使用。

四、员工维权建议

1. 收集证据
   保留考勤记录、工资条、规章制度、扣除通知等证据，证明公司扣工分的事实及依据。

2. 与公司协商
   向公司人力资源部门或领导提出异议，要求说明扣工分的合法依据，并协商补发工资。

3. 申请劳动仲裁
   若协商无果，可向当地劳动仲裁委员会申请仲裁，主张公司违法扣除工资，要求补发工资及赔偿金。

总结：公司未按考勤扣工分是否违法，需结合规章制度合法性、扣除合理性、员工同意情况等因素综合判断。若公司行为涉嫌违法，员工可通过协商、仲裁等方式维权。如有具体问题，可直接向我咨询。