关于“没加班被扣全勤是否合理”的问题，结论前置如下：
详细分析如下：
加班的法律规定
根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要加班，需与工会和劳动者协商一致，且不得违反每日及每月的加班时间限制。这表明，劳动者有权拒绝未经协商的加班要求。全勤奖作为公司内部制定的一种奖励制度，其初衷是鼓励员工正常出勤，而非强制加班。因此，在未经协商的情况下，因劳动者拒绝加班而扣除全勤奖，可能违反了劳动法的相关规定。
全勤奖的性质与扣除条件
全勤奖是公司内部制定的一种奖励制度，其发放条件和标准应由公司规章制度或劳动合同明确规定。如果公司规章制度或劳动合同中未明确规定“不加班就扣除全勤奖”，或者该规定违反了法律法规（如侵犯了劳动者的合法权益），则公司不能随意扣除员工的全勤奖。公司规章制度或劳动合同中的条款必须合法、公平、公正，且不得侵犯劳动者的合法权益。
特殊情况下的加班与全勤奖扣除
根据《中华人民共和国劳动法》第四十二条，存在自然灾害、事故等紧急情况，或生产设备故障等必须及时抢修的情形时，用人单位可以不受加班时间限制的安排加班。在这些特殊情况下，如果劳动者无正当理由拒绝加班，公司根据合法且明确的规章制度扣除全勤奖可能具有一定合理性。但即使在这种情况下，公司也应确保规章制度的合法性，并事先与劳动者进行充分沟通。
劳动者的权益保护与维权途径
如果劳动者认为公司不合理地扣除了全勤奖，应首先与公司进行沟通协商，要求其纠正违法行为。若协商不成，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在维权过程中，劳动者应保留好相关证据，如劳动合同、公司规章制度、考勤记录等，以便在需要时提供证明。
总结与建议：
在处理“没加班被扣全勤”的问题时，应综合考虑公司的具体规定、劳动合同的约定以及法律法规的要求。公司不能仅凭内部规定就随意扣除员工的全勤奖，而必须确保规定的合法性、公平性和公正性。同时，劳动者也应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当的措施来维护自己的权益。如果您对此类问题有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。