结论：公司要求加班不加班就扣全勤是否合理，主要取决于公司的具体规定、劳动合同中的相关条款，以及这些规定和条款是否符合《中华人民共和国劳动法》等法律法规的要求。在一般情况下，未经协商的不加班扣除全勤奖可能构成违法；但在特殊情况下或公司有合法且明确的规定时，扣除可能具有合理性。以下是对这一问题的详细分析：
一、加班的法律规定
根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要加班，需与工会和劳动者协商一致，且不得违反每日及每月的加班时间限制。这表明，劳动者有权拒绝未经协商的加班要求。全勤奖作为对正常出勤的奖励，其发放应当基于劳动者是否按照公司规定和劳动合同约定正常出勤，而不应因劳动者拒绝非法加班而被扣除。
二、全勤奖的性质与扣除条件
全勤奖是公司内部制定的一种奖励制度，其发放条件和标准应由公司规章制度或劳动合同明确规定。如果公司规章制度或劳动合同中未明确规定“不加班就扣除全勤奖”，或者该规定违反了法律法规（如侵犯了劳动者的合法权益），则公司不能随意扣除员工的全勤奖。公司不能仅凭内部规定就随意扣除员工的全勤奖，而必须确保规定的合法性、公平性和公正性。
三、特殊情况下的加班
根据《中华人民共和国劳动法》第四十二条，存在自然灾害、事故等紧急情况，或生产设备故障等必须及时抢修的情形时，用人单位可以不受加班时间限制的安排加班。在这些特殊情况下，如果劳动者无正当理由拒绝加班，公司根据合法且明确的规章制度扣除全勤奖可能具有一定合理性。但即便如此，公司也应确保扣除全勤奖的规定不违反法律法规，且已向劳动者明确告知。
四、劳动者的权益保护
如果劳动者认为公司不合理地扣除了全勤奖，应首先与公司进行沟通协商，要求其纠正违法行为。若协商不成，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。劳动者有权了解自己的合法权益，并在必要时采取适当的措施来维护自己的权益。
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