关于“加班没打卡扣全勤吗”这一问题，结论并非绝对，需结合具体情况分析。以下是从不同角度给出的详细解答：
一、公司规章制度的角度
规章制度内容：
- 许多公司会在其规章制度中明确规定考勤制度，包括加班打卡的要求以及未打卡的后果。如果规章制度中明确规定了“加班未打卡将扣除全勤奖”，那么公司按照此规定执行是合法的。
规章制度合法性：
- 规章制度必须合法、合理，并且已经过民主程序（如职工代表大会讨论）和公示程序（如张贴在公司公告栏或内部系统）。如果规章制度未经合法程序制定或公示，那么其中的相关条款可能无效。
二、劳动合同的角度
劳动合同约定：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了加班打卡的要求以及未打卡的后果，那么双方应按照合同约定执行。
合同变更与解除：
- 如果劳动合同中没有相关约定，或者约定不明确，那么双方应协商解决。如果协商不成，且未打卡行为并未给公司造成实际损失，公司单方面扣除全勤奖可能缺乏合法依据。
三、实际工作情况的角度
加班事实认定：
- 即使员工未打卡，但如果能提供其他证据证明加班事实（如工作记录、同事证言等），公司不应仅凭未打卡就扣除全勤奖。
特殊情况处理：
- 对于因特殊原因（如设备故障、紧急任务等）导致无法打卡的情况，公司应给予合理处理，不应一概而论地扣除全勤奖。
四、法律建议
查阅规章制度与劳动合同：
- 建议您首先查阅公司的规章制度和劳动合同，了解其中关于加班打卡和全勤奖的具体规定。
与公司协商：
- 如果认为公司的处理方式不合理，您可以与公司进行协商，寻求解决方案。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，且您认为自己的权益受到侵害，可以寻求法律援助或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
举例说明：假设某公司规章制度中明确规定“加班未打卡将扣除当月全勤奖”，且该规章制度已经过合法程序制定和公示。在这种情况下，如果您加班未打卡，公司按照规章制度扣除全勤奖是合法的。但是，如果您能提供充分证据证明加班事实，并且未打卡是由于特殊原因导致的，那么您可以与公司协商，要求不扣除全勤奖或给予其他补偿。
最后需要强调的是，每个公司的情况和规定都可能不同，因此无法给出“加班没打卡一定会扣全勤”或“一定不会扣全勤”的绝对结论。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。