结论：下班没打卡扣一百，还有两百全勤是否合理，这主要取决于公司的规章制度以及该制度是否合法合规。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度的角度
规章制度的内容：
- 公司有权制定规章制度来管理员工，包括考勤制度。如果规章制度中明确规定了下班未打卡将扣除一定金额的工资或全勤奖，并且这一规定在员工入职时已经明确告知或公示，那么从公司规章制度的角度来看，这一做法可能是合理的。
规章制度的合法性：
- 然而，规章制度的合理性并不等同于合法性。即使规章制度中有这样的规定，也需要确保该规定不违反国家法律法规的强制性规定。
二、法律法规的角度
工资支付规定：
- 根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果公司因为员工下班未打卡而扣除工资，需要确保这一扣除行为有合法的依据，并且扣除的金额合理。
- 扣除金额的合理性：一般来说，扣除的金额应当与员工的违规行为造成的损失相当。如果公司因为员工下班未打卡而扣除一百元工资，需要证明这一扣除行为与员工的违规行为有直接的因果关系，并且扣除的金额是合理的。
全勤奖的性质：
- 全勤奖是公司为了鼓励员工按时出勤而设立的一种奖励制度。如果公司因为员工下班未打卡而扣除全勤奖，需要确保这一扣除行为符合全勤奖的设立目的和规章制度的规定。
- 全勤奖的扣除条件：全勤奖的扣除通常与员工的出勤情况直接相关。如果公司规章制度中明确规定了下班未打卡将扣除全勤奖，并且这一规定合法合规，那么公司扣除全勤奖的行为可能是合理的。
三、实际操作中的建议
审查公司规章制度：
- 员工应当仔细审查公司的规章制度，了解其中关于考勤和工资扣除的规定。如果认为公司的规章制度存在不合理或违法之处，可以向公司提出异议或寻求法律援助。
与公司沟通协商：
- 如果员工因为下班未打卡而被扣除工资或全勤奖，可以尝试与公司进行沟通协商，了解扣除的具体原因和依据。如果认为扣除行为不合理或违法，可以要求公司进行更正或补偿。
寻求法律援助：
- 如果员工与公司的沟通协商无果，或者认为公司的扣除行为严重侵犯了自己的合法权益，可以寻求法律援助或向劳动争议调解仲裁机构申请调解仲裁。
举例说明：假设某公司规章制度中明确规定：“员工下班未打卡，每次扣除工资100元，并扣除当月全勤奖200元。”如果这一规定在员工入职时已经明确告知或公示，并且员工在入职时已经签字确认同意遵守该规定，那么从公司规章制度的角度来看，这一做法可能是合理的。但是，如果员工能够证明下班未打卡并非出于故意或重大过失，或者公司无法证明扣除的金额与员工的违规行为造成的损失相当，那么员工有权要求公司进行更正或补偿。
总结：下班没打卡扣一百，还有两百全勤是否合理，需要综合考虑公司的规章制度以及该制度是否合法合规。如果员工对此有疑问或认为公司的扣除行为不合理或违法，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律建议。