结论：公司因员工下午请假未打卡而扣除100元，这一行为的合法性需根据具体情况判断，特别是要看公司是否有相关规章制度以及该制度是否合法合理。

分析说明：

1. 公司规章制度的重要性：

   • 公司有权根据自身的经营需要和管理要求，制定相应的规章制度，包括考勤管理、请假流程等。
   • 如果公司规章制度中明确规定了请假未打卡需要扣除相应工资或罚款，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照规章制度执行是合法的。

2. 规章制度的合法性审查：

   • 规章制度的内容必须合法，不能违反国家法律法规，如不能侵犯员工的合法权益，不能违反最低工资标准等。
   • 规章制度的制定和修改必须经过民主程序，且需向员工公示或告知，确保员工知晓并同意。

3. 具体情况的判断：

   • 如果公司没有相关规章制度，或者规章制度中未明确规定请假未打卡的处罚措施，那么公司扣除100元的行为可能缺乏法律依据，员工有权提出异议。
   • 即使公司有相关规定，但如果该规定本身存在不合法或不合理之处，如罚款金额过高、未经过民主程序制定等，员工也有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

4. 员工的权益保护：

   • 员工在面对公司不合理的扣款行为时，应首先查看公司规章制度，了解自己的权益和义务。
   • 如果认为公司的扣款行为不合法或不合理，可以与公司进行沟通协商，要求公司解释扣款依据并提供相关证据。
   • 如果沟通无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

行动建议：

• 查看公司规章制度：首先确认公司是否有关于请假未打卡的扣款规定，以及该规定的具体内容。
• 与公司沟通：如果认为扣款不合理，可以与公司人力资源部门或相关负责人进行沟通，表达自己的意见和诉求。
• 寻求法律援助：如果沟通无果，且认为自己的权益受到了侵犯，可以向当地劳动监察部门投诉或咨询专业律师，考虑申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。