结论：未打卡但实际上班，公司却要扣钱，这种做法是否合法需分情况讨论。一般情况下，公司不能仅因未打卡就扣钱，但若公司有合法有效的规章制度且已履行告知义务，同时员工确实存在违反制度的行为，公司可能有权进行相应处理，不过也需遵循合理限度。以下为你详细分析：

公司无合法有效规章制度或制度未履行告知义务

如果公司没有制定关于打卡与工资扣除的合法有效规章制度，或者虽然有制度但未向员工进行充分告知，那么公司不能仅以未打卡为由扣除员工工资。

• 法律背景：根据《劳动合同法》第四条规定，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。并且，用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
• 可能后果：若公司违反上述规定，员工有权要求公司返还被扣除的工资。如果公司拒绝，员工可以向劳动监察部门投诉，劳动监察部门会责令公司限期支付；若公司逾期不支付，劳动监察部门还可以责令公司按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向员工加付赔偿金。员工也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。

公司有合法有效规章制度且已履行告知义务

如果公司有合法有效的关于打卡与工资扣除的规章制度，并且已经向员工进行了充分告知，员工也知晓该制度，那么需要进一步分析员工未打卡的情况。

• 员工故意不打卡：如果员工是故意不打卡，且公司的规章制度中明确规定此种情况可以扣除相应工资，那么公司有权按照制度规定扣除员工工资。但扣除的工资数额应当合理，不能超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
  • 计算公式：假设员工月工资为\(W\)，公司规定每次故意不打卡扣除工资比例为\(p\)（\(0\lt p\leq0.2\)），当月故意不打卡次数为\(n\)，则当月扣除工资总额\(C = W\times p\times n\)，当月实际发放工资\(S = W - C\)，且\(S\geq\)当地最低工资标准。
  • 举例：某员工月工资为5000元，公司规定每次故意不打卡扣除当月工资的10%，该员工当月故意不打卡2次，则当月扣除工资总额\(C = 5000\times0.1\times2 = 1000\)元，当月实际发放工资\(S = 5000 - 1000 = 4000\)元，若当地最低工资标准为2000元，4000元高于最低工资标准，公司扣除工资的行为合法。
• 员工非故意不打卡：如果员工是因为不可抗力（如突发疾病、遭遇意外事故等）或者公司原因（如打卡设备故障、公司安排临时任务导致无法打卡等）导致未打卡，且员工能够提供相应证据证明自己实际上班，那么公司不能扣除员工工资。
  • 建议：员工在这种情况下应及时向公司说明情况，并提供相关证据，如医院的诊断证明、事故处理证明、同事的证言等，以维护自己的合法权益。

公司的处理方式超出合理限度

即使公司有合法有效的规章制度且员工存在违反制度的行为，如果公司的处理方式超出合理限度，员工也可以维护自己的权益。例如，公司规定每次未打卡扣除当月工资的50%，这种扣除比例明显过高，超出了合理范围，员工可以要求公司调整扣除比例或者返还多扣除的工资。

建议：如果你遇到这种情况，首先与公司沟通协商，说明自己实际上班的情况，要求公司不要扣除工资或者合理调整扣除金额。如果协商不成，你可以收集相关证据，如考勤记录、工作记录、同事证言等，向劳动监察部门投诉或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。如果你还有其他疑问或者需要进一步的帮助，可以直接向我咨询。