结论前置：
- 一般情况下，没打卡但实际正常上班被扣工资是不合法的。打卡仅是考勤管理的一种方式，并非判定出勤的唯一标准。员工正常出勤即提供了劳动，有权获得相应的劳动报酬。
- 若公司规章制度有明确规定且该规定合理合法，同时员工无法证明自己正常出勤，公司可能依据规定扣减部分工资。但即便如此，扣减的工资也有严格限制，且需确保员工工资不低于当地最低工资标准。
法律分析：
一、法律规定
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。同时，《中华人民共和国劳动合同法》也强调，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这意味着，员工只要正常出勤并提供了劳动，就有权获得相应的工资报酬，打卡情况不应成为克扣工资的直接依据。
二、公司规章制度的影响
有合法有效的规章制度：
- 如果用人单位的规章制度明确规定了未打卡要扣工资，并且该规章制度是依法制定的（经过了民主程序，如职工代表大会讨论，并与工会或职工代表平等协商确定），且已向劳动者公示或告知，那么公司可能依据此规定扣减部分工资。
- 但即便如此，也不能仅凭未打卡就直接扣工资。员工若能提供证据证明自己正常出勤（如同事证言、工作成果展示、监控记录等），用人单位仍应支付全额工资。
- 扣减的工资应当合理，不能过分高于因未打卡可能给用人单位带来的损失，且扣除后劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
无相关规定或无效规定：
- 如果用人单位的规章制度中没有关于未打卡扣工资的规定，或该规定本身不合法（如与劳动法相抵触），则用人单位以未打卡为由扣工资缺乏依据，构成违法行为。
三、员工权益保护与救济途径
与用人单位协商：
- 劳动者首先应与用人单位进行沟通协商，要求支付被克扣的工资。在协商过程中，劳动者可以提供相关证据证明自己正常出勤，以支持自己的主张。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商不成，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并责令用人单位限期支付工资。
申请劳动仲裁：
- 劳动者还可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在仲裁过程中，劳动者需要提供相关证据证明自己的主张，仲裁委员会将根据事实和法律规定作出裁决。
提起诉讼：
- 在必要时，劳动者也可以考虑通过司法途径解决争议，向人民法院提起诉讼。法院将依法审理案件，并作出公正判决。
总结与建议：
没打卡但实际正常上班被扣工资是否合法，主要取决于用人单位是否有合法有效的规章制度作为依据，以及扣钱行为是否符合相关法律法规的规定。作为劳动者，应了解自己的权益，并在遇到此类问题时采取适当的措施来维护自己的合法权益。同时，建议劳动者在日常工作中注意保留相关证据（如工作记录、同事证言等），以便在需要时证明自己的出勤情况。如果用人单位存在违法行为，劳动者应及时向相关部门投诉或申请仲裁，以维护自己的合法权益。