结论：公司的这种做法不合法，公司不能将社保个人承担部分从员工工资中扣除来补缴社保。以下从不同角度为你详细分析：

从社保缴纳责任主体角度

根据我国相关法律规定，社会保险由用人单位和劳动者共同缴纳。其中，用人单位承担大部分费用，劳动者承担小部分费用，各自承担的比例由各地社保政策具体规定。例如养老保险，通常用人单位缴纳比例较高，劳动者缴纳比例相对较低。在正常缴纳社保的情况下，用人单位有义务按照规定比例为员工缴纳社保费用，同时从员工工资中代扣代缴员工个人应承担的部分，并将两部分费用一并缴纳至社保机构。但当出现补缴社保的情况时，责任主体依然是用人单位和劳动者双方，只是补缴的原因可能是用人单位未按时足额缴纳等过错导致。此时，用人单位不能将劳动者个人应承担的补缴部分从工资中扣除，而应先自行承担补缴责任，再通过合法途径与劳动者协商解决个人部分的承担问题。

从工资支付规定角度

工资是劳动者提供劳动后应获得的报酬，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果公司直接从员工工资中扣除社保个人承担部分用于补缴社保，这实际上属于克扣工资的行为。除非存在法定允许扣减工资的情形，如代扣代缴个人所得税、法院判决要求代扣的抚养费等，而社保个人部分在补缴时直接从工资扣除并不属于法定允许的情形。

从合法解决途径角度

如果公司认为需要员工承担补缴社保的个人部分，正确的做法是与员工进行协商，达成一致意见后，由员工主动将个人应承担的部分支付给公司，或者公司可以在后续正常发放工资时，按照规定从员工工资中代扣代缴个人应承担的补缴部分，但不能在补缴时一次性全部扣除。

如果公司存在这种违法行为，你可以先与公司进行沟通协商，要求公司停止这种不当行为并补发被扣除的工资。如果协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门会依法对公司进行调查处理，维护你的合法权益。你也可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径解决纠纷。

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