针对您提出的“公司补交社保个人部分直接扣除个人工资合法吗”这一问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

首先，根据我国现行的法律法规，企业有责任足额并及时地为员工缴纳社会保险金。社会保险费用是由企业和员工共同分担的，其中企业承担的部分必须由企业独立支付，而员工承担的部分则需由企业代为扣缴。这是法律明确规定的责任和义务。

其次，关于公司补缴社保时是否可以直接从员工工资中扣除个人部分，这需要分情况讨论。如果公司是在正常缴纳社保的周期内，按照既定的比例和规定从员工工资中代扣代缴员工个人应承担的部分，这是合法的。因为这部分费用本身就是员工应承担的，企业只是作为代扣代缴的义务人。

然而，如果公司是在补缴社保的情况下，即之前未按时足额缴纳社保，现在需要进行补缴，那么公司不能直接从员工工资中扣除企业应承担的部分。因为企业应承担的部分是企业自身的责任，不能转嫁给员工。如果公司擅自从员工工资中扣除这部分费用，无疑是对员工合法权益的侵害。

最后，如果员工发现公司存在擅自扣除工资用于补缴社保企业应承担部分的情况，员工有权通过与公司协商要求返还。如果协商无果，员工还可以向当地的劳动监察部门进行投诉，或者提起劳动仲裁，以切实保障自己的合法权益不受损害。

综上所述，公司补交社保时，不能直接从员工工资中扣除企业应承担的部分。如果公司存在这样的行为，员工有权采取相应的法律措施来维护自己的权益。希望这个解答能够对您有所帮助。